Vi har identifierat flexibelt utbyte och lagring av data i databaser, tillsammans med långvarig satsning på olika existerande och framtida modeller som nyckar till förståelse av det regler nätverk som utgör bron mellan geno- och fenotyp. Denna pilot studie av modellering av stora cellulära kontroll nätverk utgår från en intressant medicinsk frågeställning inom molekylär cellbiologi: Är framtvingad expression av Cdc6, aktivering av Cdk4/6 och Cdk2 tillräcklig för förankringsfri entré av cell cykelns S fas? Vi försöker konstruera en modell för att besvara denna fråga, på så sätt att vi kan detektera problem vid modellering av stora kontroll nätverk, diskutera implikationer och möjliga lösningar. Vår modell är baserad på 1447 reaktioner och innehåller 1343 olika molekyler. Vi använde graf teori för att studera dess topologi och gjorde följande fynd: Nätverket är skalfritt och avtar enligt en potensfunktion, som var väntat baserat på tidigare arbeten. Nätverket består av ett stort väl förenat kluster. Det kan inte bli modulariserat i form av starka komponenter eller block i en användbar form. Detta eftersom vi fann en stor komponent eller ett stort block som innehöll majoriteten av alla molekyler och mer än hundra små komponenter eller block med en eller några molekyler. Vårt nätverk stämmer inte överens med en hierarkisk nätverks modell bestående av block förenade av cut-vertices. / We have identified flexible exchange and storage of data in databases, together with prolonged investment in different existing and future modelling formalisms as key issues in successful understanding of the regulatory network responsible for the connection between geno- and phenotype. This pilot study of modelling of large-scale regulatory networks starts with a medically interesting question from molecular cell biology: Is enforced expression of Cdc6, activation of Cdk4/6 and Cdk2 sufficient for anchorage-independent entry of the S phase of the cell cycle? We try to construct a model for answering this question, in such a way that we can reveal obstacles of large-scale regulatory modelling, discuss their implications and possible solutions. Our model is based on 1447 reactions and contains 1343 different molecules. We used graph theory to study its topology and made the following findings: The network is scale-free and decays as a power-law, as could be expected based on earlier works. The network consists of one huge well connected cluster. It cannot be modularised into strong components or blocks in a useful way, since we get one big component or block containing a majority of all molecules and more than a hundred tiny components or blocks with one or a few molecules. Our network does not agree with a hierarchical network model consisting of blocks linked by cut-vertices.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-4182 |
| Date | January 2005 |
| Creators | Nordling, Torbjörn E.M. |
| Publisher | KTH, Numerisk Analys och Datalogi, NADA, Stockholm : Numerisk analys och datalogi |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | Trita-NA, 0348-2952 ; E05131 |
Page generated in 0.0023 seconds