Grâce aux progrès de la synthèse et de l’assemblage d’ADN, il est maintenant possible de
créer des génomes complètement différents de ceux retrouvés dans la nature. Il sera bientôt
possible de concevoir des bactéries ayant des génomes fait sur mesure pour pouvoir répondre
à différentes problématiques qui touchent notre société. Par contre, le design rationnel de
génome n’est pas encore possible, car les contraintes à respecter pour qu’un génome soit
fonctionnel nous sont encore largement inconnues. De plus, le faible nombre d’organismes
minimaux modèles ne permet pas encore de tirer de conclusions générales. J’ai donc cherché
à améliorer ces deux aspects, en développant un nouveau modèle pour la génomique
synthétique et en combinant plusieurs approches pour déterminer les éléments génétiques
essentiels de son génome.
Lors de mes travaux, j’ai dans un premier temps cloné le génome complet de la bactérie
Mesoplasma florum L1 sous la forme d’un chromosome artificiel dans la levure
Saccharomyces cerevisiae. J’ai fait une analyse transcriptionnelle ainsi qu’une analyse de
croissance de cette souche de levure pour déterminer que le génome bactérien avait un
impact limité sur son hôte. J’ai aussi observé de la transcription cryptique issue du génome
cloné. J’ai ensuite pu découvrir que la transplantation du génome bactérien est une
manipulation mutagène et que cet effet est amplifié par la distance phylogénétique entre le
génome transplanté à partir de la levure et la bactérie réceptrice, Mycoplasma capricolum
sous-espèce capricolum. Ces connaissances et la mise point de la boucle de clonage et
transplantation permettent de mieux comprendre ce processus encore peu caractérisé et de
positionner M. florum comme modèle pour la génomique synthétique.
J’ai ensuite identifié les éléments importants du génome de M. florum en combinant une
approche de génomique comparative sur 13 souches appartenant à cette espèce et la
mutagénèse par transposons chez la souche L1. J’ai pu ainsi identifier des gènes plus
ii
propices à la délétion et à concevoir des plans de réduction du génome de cette souche. J’ai
par la suite comparé ces plans au génome de la bactérie minimale Mycoplasma mycoides
sous-espèce capri JCVI-syn3.0. J’ai finalement démontré que bien que ces bactéries soient
phylogénétiquement proches, une bactérie minimale construite à partir de M. florum serait
différente de la souche JCVI-syn3.0 et que la combinaison d’information sur la conservation
et l’essentialité des gènes permet d’arriver à une bonne approximation de ce que serait
génome minimal d’une bactérie.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:usherbrooke.ca/oai:savoirs.usherbrooke.ca:11143/11582 |
| Date | January 2017 |
| Creators | Baby, Vincent |
| Contributors | Rodrigue, Sébastien, Gévry, Nicolas |
| Publisher | Université de Sherbrooke |
| Source Sets | Université de Sherbrooke |
| Language | French, English |
| Detected Language | French |
| Type | Thèse |
| Rights | © Vincent Baby, Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification 2.5 Canada, Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification 2.5 Canada, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ca/ |
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