Les sarcomes épithélioides sont caractérisés dans 85% des cas par une perte d'expression nucléaire de la protéine SMARCB1, codée par un gène suppresseur de tumeurs situés en 22q11 impliqué dans la génèse des tumeurs rhabdoides malignes. L'exploration par BAC-FISH (Bacterial Artificial Chromosome- Fluorescence In Situ Hybridization) d'une série de 40 sarcomes épithélioides a permis d'établir que cette perte d'expression était secondaire dans 85% des cas à des délétions homozygotes et a mis en évidence le premier cas de sarcome épithélioide associé à une délétion germinale de SMARCB1, altération jusqu'alors uniquement identifiée dans les tumeurs rhabdoides malignes. Nous avons par la suite testé le gène suppresseur de tumeurs SMARCA4 comme gène candidat impliqué dans les sarcomes épithélioides SMARCB1-conservés à partir d'une série rétrospective de 16 cas. SMARCA4 code la sous-unité ATPase du complexe BAF dont SMARCB1 représente une sous unité. Ce screening initial a permis d'identifier 6 cas de sarcomes SMARCA4-inactivés dont la localisation était exclusivement thoracique et dont les caractéristiques clinique et anatomopathologique stéréotypées ont permis le recrutement prospectif et rétrospectif de nouveaux cas. L'étude par RNA-sequencing d'une fraction de notre cohorte (n=13/19) a confirmé leur homogénéité transcriptomique et souligné leur parenté avec les tumeurs rhabdoides SMARCB1 et SMARCA4 déficientes. L'absence de mutation germinale fréquente (n=1/11) a fait proposer le terme de sarcome thoracique SMARCA4-déficient (SMARCA4-DTS) en proscrivant l'utilisation du qualificatif « rhabdoide ». La parenté transcriptomique de ces tumeurs laisse entrevoir des vulnérabilités thérapeutiques communes qui restent à identifier / Epithelioid sarcomas (ES) display loss of SMARCB1 nuclear expression in 85% of cases. SMARCB1 is encoded by a tumor suppressor gene located in 22q11 which was first linked to cancer in malignant rhabdoid tumors. While investigating a series of 40 epithelioid sarcomas with BAC-FISH (Bacterial Artificial Chromosome-Fluorescence In Situ Hybridization), we demonstrated that SMARCB1 loss in ES occurred through genomic deletions in 85% of cases. We were also able to highlight the first case of ES associated with a heterozygous SMARCB1 deletion in the germ line, which feature was previously thought to be restricted to malignant rhadboid tumors (MRT). We subsequently investigated a series of 16 SMARCB1-retained ES to identify its underlying culprit gene with a focus on the candidate tumor suppressor gene SMARCA4. SMARCA4 encodes one of the ATPase subunit of BAF complexes. Interestingly, SMARCB1 is also a core submit of these complexes which regulate chromatin remodeling. We were able to identify a set of 6 cases displaying SMARCA4 inactivation with this discovery cohort. The review of medical records highlighted these cases had similar presentation : all tumors presented with large compressive and aggressive mediastinopulmonary masses. We further recruited 13 cases based on these characteristics including 5 prospective cases. The characterization of their transcriptomes by RNA-sequencing (n=13/19) confirmed their remarkable homogeneity, all our samples clustering together with MRT. However our variant diverge from malignant rhabdoid tumors as it lacks SMARCA4 alteration in the germline (n=0/11) and displays complex polyploidy genetic profiles. We therefore called this new tumor variant “SMARCA4-deficient thoracic sarcoma” (SMARCA4-DTS). The transcriptomic vicinity of SMARCA4-DTS and MRT let foresee they share common therapeutic vulnerabilities
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2015LYO10127 |
| Date | 15 September 2015 |
| Creators | Le Loarer, François |
| Contributors | Lyon 1, Blay, Jean-Yves |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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