Seven linker histone H1 variants exist in human somatic cells with distinct prevalence among
cell types and during differentiation. Despite being key chromatin structural components, it
remains elusive how they participate in the regulation of nuclear processes. Moreover, it is
not well understood whether the different variants have specific roles or are differentially
distributed along the genome. By taking advantage of specific antibodies for H1 variants and
HA-tagged recombinant H1s expressed in breast cancer cells, the distribution of somatic
variants H1.2 to H1.5, H1.0 and H1X has been investigated by combining ChIP-qPCR, ChIP-chip,
and ChIP-seq analysis. All H1 variants bind gene promoters and are depleted from the TSS in
active genes, and also from regulatory sites. The extension of H1 depletion at promoters is
dependent on the transcriptional status of the gene and differs between variants. Analyses
show that histone H1 is not uniformly distributed along the genome and differences among
variants exist, being H1.2 the variant showing a more specific pattern and a strongest
correlation with gene repression in breast cancer cells. Results suggest that different variants
may be present at different chromatin types, and this may depend on the cell type,
differentiation state, and whether cells are originated from a neoplastic process. In a second
part of the thesis, it is shown that a previously reported H1.4 knock-down cell line presents
and off-target effect against lamin B2. Therefore, it has been developed a new inducible
knock-down cell line specifically inhibiting H1.4, which resembles previously characterized
H1.2 knock-down. Finally, combined depletion of H1.4/lamin B2 and H1.2/H1.4 causes similar
effects in T47D breast cancer cell line. / Fins a set variants de la histona H1 s han identificat en mamífers, les quals mostres una
prevalença diferent entre tipus cel lulars i durant el procés de diferenciació. Tot i que la
histona H1 juga un paper clau en l estructuració de la cromatina, no s acaba d entendre
encara com participa exactament en els diferent processos cel lulars. A més a més, encara no
està clar si les diferents variants tenen funcions específiques ni si es distribueixen igual al llarg
del genoma. Mitjançant anticossos específics per algunes variants d H1 i de línies cel lulars de
càncer de mama que expressen H1s recombinant fusionades a un pèptid HA, s ha estudiat la
distribució genòmica de H1.2 a H1.5, H1.0 i H1X, combinant ChIP-qPCR, ChIP-chip i ChIP-seq.
Totes les H1s es troben a promotors gènics i empobrides a l inici de transcripció dels gens
actius, i també a les regions reguladores. El grau de disminució d H1 al promotor depèn de
l estat transcripcional del gen i presenta diferències entre variants. Els anàlisis mostren que la
histona H1 no es distribueix uniformement al genoma i que hi ha diferències entre variants,
essent H1.2 la variant que presenta un patró més específic i una correlació més forta amb
repressió gènica a cèl lules de càncer de mama. Aquests resultats suggereixen que variants
d H1 diferents es troben presents als diversos tipus de cromatina, i aquest fet podria
dependre de la línia cel lular, l estat de diferenciació, o de si les cèl lules s han originat durant
un procés neoplàsic. En una segona part de la tesi, es mostra que una línia cel lular
anteriorment descrita que inhibeix H1.4 presenta un efecte inespecífic contra lamina B2. Així,
s ha desenvolupat una altra línia que inhibeix H1.4 específicament, la qual s assembla a un
mutant anteriorment caracteritzat que inhibeix H1.2. Finalment, la inhibició combinada de
H1.4/lamina B2 i H1.2/H1.4 provoca efectes fenotípics semblants a cèl lules de càncer de
mama T47D.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:TDX_UPF/oai:www.tdx.cat:10803/292370 |
| Date | 25 November 2013 |
| Creators | Millán Ariño, Lluís, 1984- |
| Contributors | Jordan Vallès, Albert, Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut |
| Publisher | Universitat Pompeu Fabra |
| Source Sets | Universitat Pompeu Fabra |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| Format | 226 p., application/pdf |
| Source | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Rights | ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs., info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0022 seconds