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Previous issue date: 2013-04-15 / Financiadora de Estudos e Projetos / Non-covalent interactions involving aromatic rings pi, systems play an important role in a wide range of complexes. Their understanding is essential for drug design since most of the crystal structures of complexes of proteins with small molecules reveal the existence of these interactions involving the side chains of aromatic amino acids in the receptor and / or aromatic rings and hetero-aromatic ligands acting as acceptors or donors. The analysis of the structural parameters involved in pi interactions begins with the determination and mapping of the geometrical centers (centroid) of the aromatic groups followed by the calculation of distances, angles and dihedral angles to atoms and / or other pi systems, within pre-established limits. This is combined with a visual analysis of the results in graphical displays. In this way it is possible to determine the variables needed to create a mathematical model for mapping the possible pi-interactions and to create a tool to locate them. This will assist in identifying possible binding sites of the drugs or other ligands and to create "graph sets" to compare two functionally similar but different macromolecules. As a result, we have a software that will automate the job of identifying PI- interactions, reducing search time and providing the researcher to increase their productivity. / As interações não covalentes envolvendo anéis aromáticos, sistemas pi, possuem um papel importante em uma ampla gama de complexos. A sua compreensão é essencial para o desenho de drogas já que a maioria das estruturas cristalinas de complexos de proteínas com moléculas pequenas revela a existência destas interações envolvendo as cadeias laterais de aminoácidos aromáticos no receptor e/ou anéis aromáticos e heteroaromáticos dos ligantes atuando como receptores ou doadores. A análise dos parâmetros estruturais envolvidos nas interações pi começa com a determinação e mapeamento dos centros geométricos (centroides) dos grupos aromáticos e segue com o cálculo de distâncias, ângulos e ângulos diedros a átomos e/ou outros sistemas pi dentro de determinados limites pré-estabelecidos. Isto é combinado com uma análise em tela gráfica dos resultados. Desta forma é possível determinar as variáveis necessárias à criação de um modelo matemático para o mapeamento das interações pi e criar uma ferramenta para localizá-las e assim auxiliar na identificação de possíveis sítios de ligação a fármacos ou outros ligantes, bem como criar graph sets para comparar duas macromoléculas distintas, porém funcionalmente semelhantes. Consequentemente será possível ter um software que automatizará o trabalho de identificação das interações pi, reduzindo o tempo da pesquisa e proporcionando ao pesquisador um aumento da sua produtividade.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/7027 |
| Date | 15 April 2013 |
| Creators | Sacco, Antonio César Silva |
| Contributors | Caracelli, Ignez |
| Publisher | Universidade Federal de São Carlos, Programa de Pós-graduação em Biotecnologia, UFSCar, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSCAR, instname:Universidade Federal de São Carlos, instacron:UFSCAR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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