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Previous issue date: 2007-03-30 / O desenho de drogas assistido por computador (CADD) ? um processo que envolve a execu??o seq?encial de diferentes programas, no qual ? testado se um determinado ligante (pequena mol?cula) interage bem com um receptor (geralmente uma prote?na ou enzima). Esse processo geralmente ? executando com o aux?lio de shell scripts. Por?m a modifica??o dos par?metros de entrada e an?lise dos resultados nesse tipo de abordagem ? uma tarefa complexa e que consome muito tempo. Al?m disso, para considerar a flexibilidade do receptor durante experimentos de docking, ? necess?rio que se utilize milhares de snapshots do receptor. Neste trabalho, esses snapshots s?o obtidos da trajet?ria de simula??es por din?mica molecular do receptor. Devido aos desafios associados ? manipula??o desse grande n?mero de snapshots do receptor e ? necessidade de um melhor controle sobre os diferentes programas associados a esse processo, esse trabalho apresenta um workflow cient?fico para automa??o do processo de desenvolvimento de drogas assistido por computador, incluindo de forma expl?cita a flexibilidade do receptor. Os softwares JAWE e Shark foram utilizados para modelar e executar respectivamente o workflow. Mesmo com essa automa??o no processo, ainda h? problemas relacionados ao n?mero de snapshots do receptor que deve ser utilizado. O tempo necess?rio para a execu??o de experimentos de docking, considerando aproximadamente tr?s mil snapshots do receptor, ? em torno de 500 horas. Para simplificar e agilizar esse processo, foi desenvolvida uma forma de sele??o de snapshots baseado na energia livre de liga??o (FEB). Assim, durante os experimentos de docking, chamados de docking seletivo, somente uma parte dos snapshots s?o utilizados: aqueles que obtiveram os melhores resultados de intera??o em termos de FEB durante um experimento exaustivo com um determinado ligante. Para validar essa implementa??o e sele??o, foram executados experimentos de docking com a enzima InhA de M. tuberculosis como receptor e cinco ligantes diferentes. Os resultados desses experimentos ilustram a efici?ncia do workflow implementado e da forma de sele??o de snapshots do receptor que est? sendo realizada
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede2.pucrs.br:tede/5284 |
| Date | 30 March 2007 |
| Creators | Machado, Karina dos Santos |
| Contributors | Souza, Osmar Norberto de |
| Publisher | Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul, Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia da Computa??o, PUCRS, BR, Faculdade de Inform?ca |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS, instname:Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, instacron:PUC_RS |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 1974996533081274470, 500, 600, 1946639708616176246 |
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