The DNA Damage response is a crucial signaling network that preserves genome
integrity. This network is an ensemble of distinct but often overlapping sub-networks,
where participating components exert different functions according to precise spatiotemporal
frameworks. To understand how these sub-networks have been assembled
and emerged along evolution, we have screened DDR components in 47 selected
species covering the tree of life and analyzed their evolutionary and functional
properties according to different gene ages and following a variety of classifications.
This is the first time a systematic analysis covers the DDR network’s evolution as a
whole. Our results indicate that most of the DDR components are ancestral genes, that
all the subnetworks contain at least one representative protein traceable to Prokaryota,
and that the ancestral core of the DDR machinery is mainly related to repair and is
mostly built upon sensor and effector activities. Along evolution the enlargement of the
network has occurred through the addition of new components that have evolved to
interact and work together with the ancient ones, which may have increased the
complexity of the DDR network in terms of fine-tuning and cross-talk to other pathways. / La respuesta al daño en el ADN (DDR) es una red de señalización esencial que
mantiene la integridad genética. Esta red es un conjunto de sub-redes distintas, pero a
menudo solapantes, donde los componentes que participan desempeñan diversas
funciones según marcos espacio-temporales precisos. Para comprender cómo estas
sub-redes han surgido a lo largo de la evolución y cómo se han ido ensamblando,
hemos buscado componentes de DDR en 47 especies que cubren el árbol de la vida,
y hemos analizado sus propiedades evolutivas y funcionales según distintas edades
de genes y siguiendo varias clasificaciones.
Esta es la primera vez que un análisis sistemático cubre la evolución global de la red
de DDR. Nuestros resultados indican que la mayoría de los componentes de la DDR
son genes antiguos, que todas las sub-redes contienen al menos un representante
trazable hasta procariotas, y que el núcleo ancestral de la maquinaria de DDR está
principalmente relacionado con reparación y se construyó sobre actividades de
detección y efectores. A lo largo de la evolución, la ampliación de la red ha ocurrido a
través de la adición de nuevos componentes que han evolucionado para interaccionar
y funcionar junto a los antiguos, lo que puede haber incrementado la complejidad de la
red de DDR en términos de precisión y de comunicación con otras redes.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:TDX_UPF/oai:www.tdx.cat:10803/124843 |
| Date | 25 April 2013 |
| Creators | Arcas Mantas, Aida, 1979- |
| Contributors | Rojas Mendoza, Ana Maria, Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut |
| Publisher | Universitat Pompeu Fabra |
| Source Sets | Universitat Pompeu Fabra |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| Format | 223 p., application/pdf |
| Source | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess, ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. |
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