Toxoplasma gondii är en encellig parasit som kan skapa svåra skador hos immunsupprimerade individer samt hos foster då mamman infekteras under graviditet. Genom framtagande av en realtids-PCR-metod för detektion av T. gondii ska denna diagnostik flyttas från Klinisk Patologi (KP) samt Karolinska Universitetslaboratoriet till Klinisk Mikrobiologi i Lund. Två regioner: REP-529 samt genen B1, som båda förekommer i ett flertal kopior i T. gondii-genomet, utgjorde mål för primerutprovning. Analyser utfördes både med realtids-PCR och konventionell PCR. De primerpar som gav lägst Ct-värde samt högst amplitud valdes ut för REP-529 respektive B1 för vidare analyser. Hybridiseringsprober användes för att öka specificiteten och metoden utvärderades på upprenat T. gondii DNA från olika stammar samt Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) -prover erhållna från KP. I alla provmaterial amplifierades REP-529 mer effektivt (lägre Ct-värde) än B1 vilket var förväntat då fler kopior finns av REP-529 än av B1. Nedre kvantifikationsgränsen för REP-529 och B1 visade sig dock vara samma på ca 1,8 genomkopior/µl. / Toxoplasma gondii is a unicellular organism that can cause severe damage in immunocompromised patients or in fetuses when the mother is infected during pregnancy. Through development of a real time-PCR based method for detection of T. gondii-DNA, the diagnostics is planned to be relocated from the department of Clinical Pathology in Lund and the Karolinska University Laboratory in Huddinge to the department of Clinical Microbiology in Lund. The method was built on amplification of REP-529 and the B1-gene of the T. gondii genome, both present in multiple copies. Primers were tested on purified T. gondii DNA with conventional PCR as well as real time PCR with EvaGreen dye. Primers with high amplitude and low Ct-value were selected for both REP-529 and B1. Hybridizing probes were applied to increase specificity and the method was evaluated on T. gondii-DNA extracted from Formalin-Fixed, Paraffine-Embedded (FFPE) tissue as well as purified DNA from ten different strains of T. gondii. The amplification of REP-529 yielded a higher amplitude and lower Ct-value compared to that of B1 but the lower limit of quantification seemed to correlate between the two, with 1,8 genome-copies/µl.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:mau-25032 |
| Date | January 2019 |
| Creators | Wadenius, Tove |
| Publisher | Malmö universitet, Fakulteten för hälsa och samhälle (HS), Malmö universitet/Hälsa och samhälle |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | Swedish |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.002 seconds