Les dinoflagellés sont des eucaryotes unicellulaires retrouvés dans la plupart des
écosystèmes aquatiques du globe. Ces organismes amènent une contribution substantielle à la
production primaire des océans, soit en tant que membre du phytoplancton, soit en tant que
symbiontes des anthozoaires formant les récifs coralliens. Malheureusement, ce rôle
écologique majeur est souvent négligé face à la capacité de certaines espèces de dinoflagellés
à former des fleurs d'eau, parfois d'étendue et de durée spectaculaires. Ces floraisons d'algues,
communément appelées "marées rouges", peuvent avoir de graves conséquences sur les
écosystèmes côtiers, sur les industries de la pêche et du tourisme, ainsi que sur la santé
humaine. Un des facteurs souvent corrélé avec la formation des fleurs d'eau est une
augmentation dans la concentration de nutriments, notamment l’azote et le phosphore. Le
nitrate est un des composants principaux retrouvés dans les eaux de ruissellement agricoles,
mais également la forme d'azote bioaccessible la plus abondante dans les écosystèmes marins.
Ainsi, l'agriculture humaine a contribué à magnifier significativement les problèmes associés
aux marées rouges au niveau mondial. Cependant, la pollution ne peut pas expliquer à elle
seule la formation et la persistance des fleurs d'eau, qui impliquent plusieurs facteurs biotiques
et abiotiques. Il est particulièrement difficile d'évaluer l'importance relative qu'ont les ajouts de
nitrate par rapport à ces autres facteurs, parce que le métabolisme du nitrate chez les
dinoflagellés est largement méconnu. Le but principal de cette thèse vise à remédier à cette
lacune. J'ai choisi Lingulodinium polyedrum comme modèle pour l'étude du métabolisme du
nitrate, parce que ce dinoflagellé est facilement cultivable en laboratoire et qu'une étude
transcriptomique a récemment fourni une liste de gènes pratiquement complète pour cette
espèce. Il est également intéressant que certaines composantes moléculaires de la voie du
nitrate chez cet organisme soient sous contrôle circadien. Ainsi, dans ce projet, j'ai utilisé des
analyses physiologiques, biochimiques, transcriptomiques et bioinformatiques pour enrichir
nos connaissances sur le métabolisme du nitrate des dinoflagellés et nous permettre de mieux
apprécier le rôle de l'horloge circadienne dans la régulation de cette importante voie
métabolique primaire.
Je me suis tout d'abord penché sur les cas particuliers où des floraisons de dinoflagellés
sont observées dans des conditions de carence en azote. Cette idée peut sembler contreintuitive,
parce que l'ajout de nitrate plutôt que son épuisement dans le milieu est généralement
associé aux floraisons d'algues. Cependant, j’ai découvert que lorsque du nitrate était ajouté à
des cultures initialement carencées ou enrichies en azote, celles qui s'étaient acclimatées au
stress d'azote arrivaient à survivre près de deux mois à haute densité cellulaire, alors que les
cellules qui n'étaient pas acclimatées mourraient après deux semaines. En condition de carence
d'azote sévère, les cellules arrivaient à survivre un peu plus de deux semaines et ce, en arrêtant
leur cycle cellulaire et en diminuant leur activité photosynthétique. L’incapacité pour ces
cellules carencées à synthétiser de nouveaux acides aminés dans un contexte où la
photosynthèse était toujours active a mené à l’accumulation de carbone réduit sous forme de
granules d’amidon et corps lipidiques. Curieusement, ces deux réserves de carbone se
trouvaient à des pôles opposés de la cellule, suggérant un rôle fonctionnel à cette polarisation.
La deuxième contribution de ma thèse fut d’identifier et de caractériser les premiers
transporteurs de nitrate chez les dinoflagellés. J'ai découvert que Lingulodinium ne possédait
que très peu de transporteurs comparativement à ce qui est observé chez les plantes et j'ai
suggéré que seuls les membres de la famille des transporteurs de nitrate de haute affinité 2
(NRT2) étaient réellement impliqués dans le transport du nitrate. Le principal transporteur
chez Lingulodinium était exprimé constitutivement, suggérant que l’acquisition du nitrate chez
ce dinoflagellé se fondait majoritairement sur un système constitutif plutôt qu’inductible.
Enfin, j'ai démontré que l'acquisition du nitrate chez Lingulodinium était régulée par la lumière
et non par l'horloge circadienne, tel qu'il avait été proposé dans une étude antérieure.
Finalement, j’ai utilisé une approche RNA-seq pour vérifier si certains transcrits de
composantes impliquées dans le métabolisme du nitrate de Lingulodinium étaient sous
contrôle circadien. Non seulement ai-je découvert qu’il n’y avait aucune variation journalière
dans les niveaux des transcrits impliqués dans le métabolisme du nitrate, j’ai aussi constaté
qu’il n’y avait aucune variation journalière pour n’importe quel ARN du transcriptome de
Lingulodinium. Cette découverte a démontré que l’horloge de ce dinoflagellé n'avait pas
besoin de transcription rythmique pour générer des rythmes physiologiques comme observé
chez les autres eukaryotes. / Dinoflagellates are unicellular eukaryotes found in most aquatic ecosystems of the
world. They are major contributors to carbon fixation in the oceans, either as free-living
phytoplankton or as symbionts to corals. Dinoflagellates are also infamous because some
species can form spectacular blooms called red tides, which can cause serious damage to
ecosystems, human health, fisheries and tourism. One of the factors often correlated with algal
blooms are increases in nutrients, particularly nitrogen and phosphorus. Nitrate is one of the
main components of agricultural runoffs, but also the most abundant bioavailable form of
nitrogen in marine environments. Thus, agricultural activities have globally contributed to the
magnification of the problems associated with red tides. However, bloom formation and
persistence cannot be ascribed to human pollution alone, because other biotic and abiotic
factors are at play. Particularly, it is difficult to assess the relative importance of nitrate
addition over these other factors, because nitrate metabolism in dinoflagellate is mostly
unknown. Filling part of this gap was the main goal of this thesis. I selected Lingulodinium
polyedrum as a model for studying nitrate metabolism, because this dinoflagellate can easily
be cultured in the lab and a recent transcriptomic survey has provided an almost complete
gene catalogue for this species. It is also interesting that some molecular components of the
nitrate pathway in this organism have been reported to be under circadian control. Thus, in this
project, I used physiological, biochemical, transcriptomic and bioinformatic approaches to
enrich our understanding of dinoflagellate nitrate metabolism and to increase our appreciation
of the role of the circadian clock in regulating this important primary metabolic pathway.
I first studied the particular case of dinoflagellate blooms that occur and persist in
conditions of nitrogen depletion. This idea may seems counterintuitive, because nitrogen
addition rather than depletion, is generally associated with algal blooms. However, I
discovered that when nitrate was added to nitrogen-deficient or nitrogen-sufficient cultures,
those that had been acclimated to nitrogen stress were able to survive for about two months at
high cell densities, while non-acclimated cells died after two weeks. In conditions of severe
nitrogen limitation, cells could survive a little bit more than two weeks by arresting cell
division and reducing photosynthetic rates. The incapacity to synthesize new amino acids for
these deprived cells in a context of on-going photosynthesis led to the accumulation of
reduced carbon in the form of starch granules and lipid bodies. Interestingly, both of these
carbon storage compounds were polarized in Lingulodinium cells, suggesting a functional role.
The second contribution of my thesis was to identify and characterize the first nitrate
transporters in dinoflagellates. I found that in contrast to plants, Lingulodinium had a reduced
suite of nitrate transporters and only members of the high-affinity nitrate transporter 2 (NRT2)
family were predicted to be functionally relevant in the transport of nitrate. The main
transporter was constitutively expressed, which suggested that nitrate uptake in Lingulodinium
was mostly a constitutive process rather than an inducible one. I also discovered that nitrate
uptake in this organism was light-dependent and not a circadian-regulated process, as
previously suggested.
Finally, I used RNA-seq to verify if any transcripts involved in the nitrate metabolism
of Lingulodinium were under circadian control. Not only did I discovered that there were no
daily variations in the level of transcripts involved in nitrate metabolism, but also that there
were no changes for any transcripts present in the whole transcriptome of Lingulodinium. This
discovery showed that the circadian timer in this species did not require rhythmic transcription
to generate biological rhythms, as observed in other eukaryotes.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:umontreal.ca/oai:papyrus.bib.umontreal.ca:1866/15897 |
| Date | 12 1900 |
| Creators | Dagenais Bellefeuille, Steve |
| Contributors | Morse, David |
| Source Sets | Université de Montréal |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | thesis, thèse |
| Format | application/pdf |
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