Les écosystèmes des eaux souterraines sont de plus en plus reconnus pour leur faune endémique, phylogénétiquement ancienne et écologiquement spécialisée. Avec plus de 425 espèces décrites, les amphipodes niphargidés constituent la famille des eaux souterraines la plus riche en espèces au monde et un système modèle intéressant pour la biologie de l'évolution. Cependant, les scientifiques doivent faire face à des données incomplètes et biaisées en raison de trois déficits majeurs: le déficit Linnéen pour la taxonomie, le déficit Darwinien pour la phylogénie, et le déficit Wallacien pour la biogéographie. La présente thèse vise à évaluer l'importance de ces déficits chez les niphargidés, ouvrant ainsi la voie pour y remédier. Le premier chapitre est une évaluation des effets de la découverte d'espèces cryptiques (une des causes du déficit Linnéen) sur notre compréhension des modèles de distribution à grande échelle de la diversité des niphargidés. Contrairement à ce que l'on attendait, les espèces cryptiques putatives sont réparties de manière homogène le long des gradients environnementaux, et leur découverte ne modifie donc pas notre compréhension des modèles de distribution. Le deuxième chapitre analyse l'importance de l'application des techniques moléculaires à la taxonomie des niphargidés. En étudiant le genre Microniphargus, la morphologie seule s'est avérée peu informative en raison de la pédomorphose et de l'homoplasie. L'utilisation de marqueurs ADN a permis d'attribuer le genre à une famille différente (Pseudoniphargidae), venant éclaircir les relations phylogénétiques au sein des Niphargidae (et contribuant ainsi à remédier au déficit Darwinien). Le troisième chapitre traite du rôle des régressions et transgressions marines sur la distribution des niphargidés en utilisant la biogéographie moléculaire et une modélisation biogéographique innovante (afin de remédier au déficit Wallacien). Les résultats soutiennent l'idée que la dispersion a joué un rôle essentiel dans la biogéographie historique des niphargidés, en montrant que leurs voies de dispersion sont corrélées à des événements paléogéographiques anciens. Enfin, le quatrième chapitre traite de la taxonomie, de la phylogénie et de la biogéographie d'un clade de niphargidés distribué dans la région des Alpes et des Carpates, et illustre un cas de discordance mitonucléaire dans la délimitation d'espèces vivant dans des zones affectées par les glaciations quaternaires. Une histoire complexe de divergence de lignées évolutives et de contacts secondaires pendant les fluctuations climatiques du Pléistocène explique la plus grande variabilité de l'ADN mitochondrial par rapport aux marqueurs nucléaires. Dans une telle situation, la description formelle d'espèces cryptiques basée sur le seul barcodage de l'ADN mitochondrial, comme dans certains articles récents sur les niphargidés, n'est pas recommandée. Cette thèse ouvre plusieurs perspectives pour des recherches futures basées sur la taxonomie intégrative et la modélisation biogéographique, permettant aux niphargidés très diversifiés de jouer un rôle majeur dans la surveillance des écosystèmes des eaux souterraines. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished
| Identifer | oai:union.ndltd.org:ulb.ac.be/oai:dipot.ulb.ac.be:2013/326119 |
| Date | 01 July 2021 |
| Creators | Stoch, Fabio |
| Contributors | Flot, Jean-François, Mardulyn, Patrick, Dellicour, Simon, Backeljau, Thierry, Gabrovski, Michal MG |
| Publisher | Universite Libre de Bruxelles, Université libre de Bruxelles, Faculté des Sciences – Biologie des Organismes, Bruxelles |
| Source Sets | Université libre de Bruxelles |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:ulb-repo/semantics/doctoralThesis, info:ulb-repo/semantics/openurl/vlink-dissertation |
| Format | 3 full-text file(s): application/pdf | application/pdf | application/pdf |
| Rights | 3 full-text file(s): info:eu-repo/semantics/openAccess | info:eu-repo/semantics/restrictedAccess | info:eu-repo/semantics/closedAccess |
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