Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2017-02-16T14:50:28Z
No. of bitstreams: 2
license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5)
Thesis_Gabriel_digital.final.pdf: 10412972 bytes, checksum: ec85b3671bb5bbcd735ea9e83436b08f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T14:50:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2
license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5)
Thesis_Gabriel_digital.final.pdf: 10412972 bytes, checksum: ec85b3671bb5bbcd735ea9e83436b08f (MD5)
Previous issue date: 2016-04-01 / CNPq / Peptídeos antimicrobianos são componentes importantes do sistema de defesa de
diversos organismos contra possíveis invasores. Em geral, são pequenos (até 100
aminoácidos), catiônicos e anfipáticos. Eles têm despertado o interesse da comunidade
científica por sua capacidade de atuação contra micróbios, que não conseguem desenvolver
resistência a esses peptídeos. Ou seja, eles emergem como complemento e/ou alternativa ao
uso dos antibióticos convencionais.
Este trabalho desenvolveu um modelo computacional de um peptídeo híbrido de
pediocina A (N-terminal) e plantaricina 149a (C-terminal), dois peptídeos bactericidas. Dados
experimentais obtidos pelo grupo da prof. Dra. Rosângela Itri do IFUSP foram utilizados para
modelagem e comparação dos resultados. Foram feitas simulações de MD do peptídeo
interagindo com membranas puras e mistas de POPC e POPG utilizando os parâmetros do
campo de força GROMOS 53A6 e 54A7.
As simulações com uma unidade do peptídeo revelaram a atualização 54A7 era a mais
adequado para modelagem desses sistemas. Os mapas de estrutura secundária mostraram que
o peptídeo adquire configuração mais ordenada quando interage com membranas com maior
quantidade de POPG em sua composição. As simulações com duas unidades do peptídeo
sugeririam que o peptídeo interage e penetra na camada de POPG através da região Cterminal.
Na simulação com membrana de POPC, nenhuma das porções terminais ficou
estável no interior da membrana.
O efeito do aumento da concentração de peptídeos foi examinado colocando cinco e
dez unidades do peptídeo para interagir com as membranas. Na membrana de POPC, os
peptídeos não formam um único aglomerado e causam pouca perturbação na bicamada. Já na
membrana de POPG, o efeito da interação do aglomerado de peptídeos é acentuado,
provocando grandes deformações na bicamada lipídica, praticamente a destruindo. Esse
fenômeno sugere um possível mecanismo carpete para ação do peptídeo sobre a membrana
fosfolipídica de bactérias. / Antimicrobial peptides are important components of defense system in various
organizations against possible invaders. They are generally small (100 aminoacids), cationic
and amphipathic. They have stimulated the interest of the scientific community for its ability
to act against microbes that cannot develop resistance to these peptides. That is, they emerge
as complement and/or alternative to the use of conventional antibiotics.
This study developed a computational model of a hybrid peptide pediocin A (Nterminal)
and plantaricin 149a (C-terminal), two bactericidal peptides. Experimental data
obtained by the group of prof. Dr. Rosângela Itri (IFUSP) were used for modeling and
compare the results. MD simulations were made of the peptide interacting with pure and
mixed POPC and POPG membranes. These simulations were performed using the parameters
of the force field GROMOS 53A6 and 54A7.
Simulations with a single copy of the peptide revealed that the force field 54A7 was
the most appropriate for modeling these systems. The secondary structure maps showed that
the peptide acquires a more ordered configuration when interacting with membranes with
higher amounts of POPG in its composition. The simulations with two copies of the peptide
suggest that the peptide interacts and penetrates the POPG layer via the C-terminal part. In the
simulation with POPC membrane, none of the end portions remained stable within the
membrane.
The effect of increasing the peptide concentration of was examined by placing five
and ten copies of the peptide to interact with the membranes. In the POPC membrane, the
peptides do not form a single cluster and they cause little disturbance in the bilayer. In the
POPG membrane, the interaction of peptides cluster is enhanced, causing large deformation
and practically destroying the lipid bilayer. This phenomenon suggests a possible carpet
mechanism of action of the peptide on the phospholipid membrane of bacteria.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpe.br:123456789/18337 |
| Date | 01 April 2016 |
| Creators | HORA, Gabriel Costa Alverni da |
| Contributors | http://lattes.cnpq.br/7252959688681950, SOARES, Thereza Amélia |
| Publisher | Universidade Federal de Pernambuco, Programa de Pos Graduacao em Quimica, UFPE, Brasil |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Breton |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPE, instname:Universidade Federal de Pernambuco, instacron:UFPE |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0025 seconds