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Previous issue date: 2014-08-28 / In this work the crystal structures of two 3 (phenoxymethyl)-4-phenylbut-3-en-ones were determined and the resulting 3D strutures were used as input for docking studies in the lethal factor (LF) of bacillus anthracis. The results were then compared with those of a known inhibitor.(3E)-3-(4-nitrophenoxymethyl)-4- phenylbut-3-en-2-one (1): the conformation about the C═C double bond [1.348 (2) Å] is E with the ketone group almost co-planar [C C C C torsion angle = 7.2 (2)°] but the phenyl group twisted away [C C C C =160.93 (17)°]. The terminal aromatic rings are almost perpendicular to each other [dihedral angle = 81.61 (9)°] giving themolecule an overall U-shape. The crystal packing feature benzene-C H O (aldehyde) contacts that lead to supramolecular helical chains along the b axis. These are connected by π π interactions between benzene and phenyl rings [inter-centroid distance = 3.6648 (14) Å] resulting in the formation of a supramolecular layer in the bc plane.(3E)-3-(2,4-dinitrophenoxymethyl)-4-phenylbut- 3-en-2-one (2): the conformation about the C=C double bond [1.345 (2) Å] is E, with the ketonemoiety almost coplanar [C C C C torsion angle = 9.5(2) °] along with the phenyl ring [C C C C = 5.9 (2) °]. The aromatic rings are almost perpendicular to each other [dihedral angle = 86.66 (7) °]. The 4-nitro moiety is approximately coplanar with the benzene ring to which it is attached [O N C C = 4.2 (2) °], whereas the one in the ortho position is twisted [O N C C = 138.28 (13) °]. The molecules associate via C H O interactions, involving both O atoms from the 2-nitro group, to form a helical supramolecular chain along [010]. Nitro nitro N O interactions [2.8461 (19) Å] connect the chains into layers that stack along[001]. The docking results, using as a target the lethal factor (LF) of bacillus anthracis, show that both Compound 1 and 2 located themselves in the same cavity where the known inhibitor is located, and making most of the interactions this last one does with the amino acid residues that are important for the enzyme activity, so that it can be postulated that they can be also inhibitors. Moreover, Compound 1adopts a pose closer to that of the inhibitor whereas Compound 2 is rotated so that an important interaction is missed, this may indicate that this last one can be a less effective inhibitor than Compound 1. / Neste trabalho, as estruturas cristalinas dos dois 3(fenoximetil)-4-fenilbut-3-en-onas foram determinadas e as estruturas 3D resultantes foram utilizadas como entrada para estudos de docking no fator letal (LF) do bacillus anthracis. Os resultados foram comparados com os de um inibidor conhecido (3E)-3-(4-nitrofenoximetil)-4- fenilbut-3-en-2-ona(1): a conformação ao redor da ligação dupla C═C[1,348 (2) Â] é E, com o grupo cetona quase co-planar [ângulo de torção C-C-C-C =7,2(2) °], mas o grupo fenila está torcido [C-C-C-C =160,93(17)°]. Os anéis aromáticos terminais estão quase perpendiculares entre eles [ângulo diedro =81,61(9)°], o que dá a molécula a forma de U. O empacotamento cristalino apresenta contatos benzeno- C-H O (cetona) que levam a cadeias supramoleculares helicoidais ao longo do eixo b. Estas por sua vez estão ligadas através de interações π-π entre o benzeno e o anel fenila, [distância inter-centróide = 3,6648(14)Å], resultando na formação de uma camada supramolecular no plano bc (3E)-3-(2,4-dinitrofenoximetil)-4-fenilbut- 3-en-2-ona (2): a conformação em torno da ligação dupla C=C[1,345 (2) Å] é E, com a cetona quase coplanar [ângulo de torção C-C-C-C =9,5(2)°], juntamente com o anel de fenila [C-C-C-C =5,9(2)°]. Os anéis aromáticos estão quase perpendiculares entre si [ângulo diedro =86,66(7)°]. O grupo 4-nitro é aproximadamente coplanar ao anel benzeno ao qual está ligado [S-N-C-C =4,2(2) °], enquanto que o grupo na posição orto está torcido [S-N-C-C =138,28(13)°]. As moléculas se associam através de interações C-H...O, envolvendo ambos os átomos de O do grupo 2-nitro, de modo a formar uma cadeia supramolecular helicoidal ao longo da direção [010]. Interações nitro-nitro N...O [2,8461 (19)Å] unem as cadeias em camadas que se empilham ao longo da direção [001]. Os resultados do docking molecular, utilizando como alvo o fator letal (LF) de bacillus anthracis, mostram que tanto o Composto 1 como o 2, colocaram-se na mesma cavidade que o inibidor conhecido está localizado, e fazem a maior parte das interações que este último faz com os resíduos de aminoácidos, que são importantes para a atividade da enzima, de modo que também podem ser inibidores. Além disso, o Composto 1 adota uma pose mais próxima da do inibidor, ao passo que o Composto 2 está rodado de modo que uma interação importante é perdida, isso pode indicar, que este último, pode ser um inibidor menos eficaz do que o Composto 1.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/7040 |
| Date | 28 August 2014 |
| Creators | Nucci Junior, Paulo Roberto |
| Contributors | Moreira, Fernando Manuel Araújo |
| Publisher | Universidade Federal de São Carlos, Programa de Pós-graduação em Biotecnologia, UFSCar, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSCAR, instname:Universidade Federal de São Carlos, instacron:UFSCAR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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