Evidências sugerem que somente cerca de 2% do genoma codifica proteínas, mas que a maior parte dos 80% restante possui atividade transcricional. Por não ser codificadora de proteínas, essa fração do genoma foi considerada como \'DNA lixo\'. Entretanto, estudos mais recentes e análises pós-ENCODE vem demonstrando que parte significativa destes RNAs não-codificantes desempenham papéis importantes em processos biológicos essenciais e também em doenças. Os RNAs longos não codificadores (lncRNAs) embora tradicionalmente conhecidos pelo imprintinggenômico, vem demonstrando diversos mecanismos de regulação da expressão gênica, principalmente emnível pós transcricional. Um destes lncRNAs que está envolvido principalmente com a metastase em câncer é o HOTAIR. O melanoma tem sido utilizado como modelo de progressao do câncer por suas etapas bem definidas e por isso já tem apresentado alguns lncRNAs envolvidos na melanomagenese e progressão do melanoma, tal como o HOTAIR. Assim, neste trabalho foi analisado a expressão de lncRNAs de amostras de melanócito e melanoma, sendo que as amostras malignas representam as principais fases de progressão deste tipo de câncer. Foram analisados os níveis de expressão relativa. Além disso, foi realizado a expressão diferencial dos grupos representativos do melanoma. Foram encontrados lncRNAs com valores de expressão e significância (p-ajustado <0,01 e fold change >1) que podem ser indicativos de expressão associada a progressão do melanoma. Os lncRNAs mais diferencialmente expressos foram avaliados quanto a sua capacidade de interação proteína-RNA e literatura científica disponível e então foram selecionados para posteriores ensaios funcionais. / Evidence suggests that only about 2% of the genome encodes protein, but most remaining 80% has transcriptional activity. Since they do not coding for proteins, this fraction of the genome was considered \'junk DNA\', However, recent studies and post-ENCODE analisys has shown that significant part of these non-coding RNAs play important roles in essential biological processes and in disease. Long noncoding RNAs (lncRNAs) although traditionally known for genomic imprinting, has demonstrated several mechanisms of regulation of gene expression, especially at the post transcriptional level. One of these lncRNAs that is involved primarily with metastasis in câncer is HOTAIR. Melanoma has been used as a model of câncer progression by its well-defined steps, and so it has been presented some lncRNAs involved in melanoma progression and melanomagenese, as HOTAIR was demonstrated. In this work it was analyzed the expression of lncRNAs of melanocyte and melanoma samples, and malignant samples represent the main stages of progression of this type of câncer. Relative expression levels were analyzed. Furthermore, it was performed differential expression of representative melanoma groups. lncRNAs found with expression values and significance (p-adjusted <0.01 and fold change> 1) may be indicative of expression associated with melanoma progression. The lncRNAs more differentially expressed were evaluated for their ability to interact protein-RNA and available scientific literature and then were selected for further functional assays.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:usp.br/oai:teses.usp.br:tde-04012017-084739 |
| Date | 03 June 2016 |
| Creators | Siena, Ádamo Davi Diógenes |
| Contributors | Silva Junior, Wilson Araújo da |
| Publisher | Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
| Source Sets | Universidade de São Paulo |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | Dissertação de Mestrado |
| Format | application/pdf |
| Rights | Liberar o conteúdo para acesso público. |
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