A Thermotoga marítima (Tm) é uma bactéria que vive em temperaturas na faixa dos 65 até 90°C, com temperatura ótima do redor dos 80°C. A proteína TM1030 de Tm, é um regulador transcricional da família TetR (Tetracycline repressor protein) reguladores da expressão génica das proteínas TetA e TetB (Tetracycline resistance protein). Neste trabalho se rodarem 200ns de trajetória de dinâmica molecular a três temperaturas (293, 323 e 353K) da proteína TM1030 (PDB-1Z77) usando o pacote GROMACS com o potencial Amber99 e solvente explicito numa caixa cúbica com 90Å de comprimento, observando que RMSD da estrutura média da trajetória é menor em relação à estrutura cristalográfica, além disso que num primer momento esse RMSD tem uma mudança grande e que se estabiliza com uma maior velocidade nas maiores temperaturas. Também foi feito um analise de modos normais na mesma estrutura usando o mesmo potencial, mas com solvente implícito, usando o modelo GBSA, minimizando a estrutura até ter um coeficiente de força média de 6,4x10-8J·mol-1·cm-1 que assegura um bom mínimo local. Das trajetórias simuladas a partir das 6 menores frequências se achou uma relação com os movimentos observados nas dinâmicas moleculares e os esperados na transição alostérica entre as duas estruturas cristalográficas. Finalmente se calculam os fatores de temperatura das três trajetórias de dinâmica molecular, observando que seus esses fatores de temperatura aumentam com o aumento da temperatura, contrario do esperado da cristalografia onde diminuam com o aumento da temperatura do sistema. / The Thermotoga maritima (Tm) is a bacterium who can lives at temperatures of 65 to 90°C, with optimum temperature around of 80°C. The TM1030 protein of Tm is a transcriptional regulator from TetR family (Tetracycline repressor protein) regulators of gene expression of the TetA and TetB protein (Tetracycline resistance protein). In this work 200ns of molecular dynamics trajectory was run at three temperatures (293, 323 and 353K) of TM1030 protein (PDB-1Z77) using GROMACS package with Amber99 potential and explicit solvent in a cubic box with length 90A, noting that RMSD of the average structure of the trajectory is smaller with respect to the crystallographic structure, in addition, in a first time this RMSD have a large change and stabilizes at a higher speed at higher temperatures. There was also an analysis of normal modes on the same structure using the same potential, but with implicit solvent, using the GBSA model, minimizing the structure to have a medium force coefficient of 6,4x10-8J·mol-1·cm-1which ensures a good local minimum. Of the trajectories simulated from 6 lower frequencies was found a relationship with the movements observed in molecular dynamics and expected the allosteric transition between the two crystal structures. Finally was calculate the temperature factor of the three trajectories of molecular dynamics, observing their temperature factors increase with increasing temperature, contrary to expectations of crystallography which decrease with the increase of the system temperature.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:teses.usp.br:tde-04052016-160345 |
| Date | 19 January 2016 |
| Creators | David Leandro Palomino Salcedo |
| Contributors | Eduardo Horjales Reboredo, Guilherme Menegon Arantes, Mauricio Garcia de Souza Costa |
| Publisher | Universidade de São Paulo, Física, USP, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP, instname:Universidade de São Paulo, instacron:USP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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