Through complex metabolic interactions aquatic microbial life is essential as a driver of ecosystem functions and hence a prerequisite for sustaining plant and animal life in the sea and on Earth. Despite its ecological importance, information on the complexity of microbial functions and how these are related to environmental conditions is limited. Due to climate change and eutrophication, marine areas facing oxygen depletion are increasing and predicted to continue to do so in the future. Vertically steep oxygen gradients are particularly pronounced in the Baltic Sea. In this thesis, therefore, the ecosystem functions of microbial communities were investigated, using metagenomics, to understand how they were distributed along the steep oxygen gradient at the Landsort Deep, the deepest point of the Baltic Sea. Furthermore, microbial communities from the Landsort Deep transect were compared to microbial communities of other marine environments to establish whether the environment at this site resulted in a characteristic community. To reveal what microbial community functions and taxa were active in the anoxic sediment a metatranscriptomic approach was used. Results showed a marked effect of the coupled environmental parameters dissolved oxygen, salinity and temperature on distribution of taxa and particularly community functions. Microbial communities showed functional capacities consistent with a copiotrophic life-style dependent on organic material sinking through the water column. The eutrophic condition with high organic load was further reflected in the metatranscriptome of the anoxic sediment community, which indicated active carbon mineralisation through anaerobic heterotrophic-autotrophic community synergism. New putative linkages between nitrogen and- sulphur metabolisms were identified at anoxic depths. Furthermore, viable Cyanobacteria in the anoxic sediment was evident from the transcript analyses as another reflection of marine snow. High abundance and expression of integron integrases were identified as a characteristic feature of the Landsort Deep communities, and may provide these communities with a mechanism for short-term-adaptation to environmental change. In summary, this thesis clearly documents what impact eutrophication and oxygen depletion have on microbial community functions. Furthermore, it specifically advances the mechanistic insight into microbial processes in anoxic deep-water sediment at both genomic and transcriptional level. Given the predicted progress of oxygen depletion in marine and brackish environments, this work advances information necessary to estimate effects on marine and in particular brackish ecosystem functions where anoxic conditions prevail. / Mikroorganismer är essentiella för fungerande ekosystemfunktioner i akvatiska miljöer och därmed en förutsättning för övrigt växt- och djurliv på vår planet. Trots deras ekologiska nyckelroll är kunskapen om mikroorganismernas funktion och komplexitet samt hur dessa är relaterade till miljön begränsad. På grund av eutrofiering och klimatförändringar har marina områden som lider av syrebrist ökat och en ytterligare utbredning av marina och bräckta områden med syrebrist är predicerad i framtiden. Stora områden av Östersjön kännetecknas av vertikala syregradienter med syresatt ytvatten och anoxiskt bottenvatten. I denna avhandling undersöktes därför med metagenomik hur mikrobiella ekosystems funktioner var utbredda längs den vertikala syregradienten i Östersjöns djupaste del, Landsortsdjupet. Dessutom jämfördes de mikrobiella samhällena från Landsortsdjupet med mikrobiella samhällen från andra marina miljöer för att utröna om den karakteristiska miljön i Landsortsdjupet återspeglade de mikrobiella samhällen som lever där. För att undersöka vilka mikroorganismer samt vilka mikrobiella ekosystemfunktioner som var aktiva i det anoxiska sedimentet i Landsortsdjupet användes metatranskriptomik. Resultaten visade en stark korrelation mellan miljöparametrarna syrehalt, salinitet och temperatur och fördelningen av mikrobiell taxa och i synnerhet mikrobiell funktion längs Landsortsdjupets transekt. De mikrobiella samhällena uppvisade en funktionell kapacitet förenlig med en livsstrategi beroende av organiskt material som sjunker genom vattenkolonnen som en konsekvens av eutrofiering. Eutrofa förhållanden med hög halt av organiskt material var även återspeglad i metatranskriptomet från det anoxiska sedimentet, som indikerade aktiv mineralisering av organiskt kol genom anaerob heterotrof-autotrof synergism. Nya möjliga kopplingar mellan kväve- och svavelmetabolism identifierades i det anoxiska vattnet. Vidare visade resultat från metatranskriptom-analys att livsdugliga cyanobakterier var abundanta i det mörka och anoxiska sedimentet, vilket även detta kan vara en konsekvens av sjunkande organiskt material. Hög abundans och hög transkribering av integrongener kunde identifieras som ett karakteristiskt kännetecken hos de mikrobiella samhällena i Landsortsdjupet vilket skulle kunna förse dem med en mekanism för anpassning till miljöförändringar. Sammanfattningsvis dokumenterar denna avhandling tydligt vilken påverkan eutrofiering och syrebrist har på mikrobiella funktioner. Dessutom för den specifikt kunskapen om mikrobiella processer i anoxiska djupvattensediment framåt på både genom- och transkriptionsnivå. Mot bakgrund av en predicerad ökning av syrebristen i marina miljöer, bidrar denna avhandling med information som är viktig för att kunna förutse vilka effekter anoxiska förhållanden kan komma att få på ekosystemfunktioner i marina miljöer och i brackvattenmiljöer i synnerhet.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:sh-30910 |
| Date | January 2016 |
| Creators | Thureborn, Petter |
| Publisher | Södertörns högskola, Miljövetenskap, Huddinge |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Doctoral thesis, comprehensive summary, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | Södertörn Doctoral Dissertations, 1652-7399 ; 125, info:eu-repo/grantAgreement/EC/FP7/222625 |
Page generated in 0.0028 seconds