Visualization and image filtering are important parts of cryo-electron tomography analysis. ArtiaX, a plugin developed for UCSF ChimeraX, has been extended to improve the functionality of these two parts. For the visualization, a method of moving 3D surfaces to remove overlap between them has been developed and implemented. To accommodate this, a Monte Carlo approach using Poisson disc sampling for approximating volume of overlap between 3D surfaces is used, and a novel method for measuring overlap has been invented, called the Normal Projection Method, useful for measuring the depth of overlap between surfaces. For the image filtering, tomogram averaging and frequency filters have been added to the ArtiaX toolbox. / Visualisering och bildfiltrering är viktiga delar inom kryoelektrontomografianalys. ArtiaX, ett plugin utvecklat för UCSF ChimeraX, har utökats för att förbättra funktionaliteten inom dessa två områden. För visualiseringen har en metod för att flytta 3D ytor så att de inte överlappar utvecklats och implmenterats. För att skapa denna funktion används en Monte Carlo metod med Poisson disk sampling för att uppskatta volymen av 3D ytor, och normalprojektionsmetoden, en ny metod för att mäta överlappsdjup har skapts och implementerats. För att förbättra bildfiltreringen har tomogram-snittning och frekvensfilter lagts till bland verktygen i ArtiaX.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:liu-195970 |
| Date | January 2023 |
| Creators | Arctaedius, Gunnar |
| Publisher | Linköpings universitet, Tillämpad matematik, Linköpings universitet, Tekniska fakulteten |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0025 seconds