The complete genome sequence of bacteriophage VR7 has been determined. The genome sequence is 169,285 nt, with an overall G+C content of 40,3%, compared with 35.3 % of T4. VR7 encodes 293 putative protein-encoding open reading frames (ORFs) and tRNAMet. In total, 211 of the 293 VR7 open reading frames encode putative proteins that share 30% ‒ 97% amino acid sequence identity with those found in T4; 46 ORFs resemble genes from other T4-like phages, 9 show similarities to genes of non T4 type phages and 27 ORFs lack any database matches. Homologs to the T4 α-gt, β-gt, SegA, SegB, SegC, SegD, SegE, I-TevI, I-TevII, I-TevIII, gp42, Ac, NrdG, NrdD, Arn, IPI, IPII, IPIII, Mrh as well as the T4-specific tRNAs are all absent in VR7. The amino acid sequences of the three major structural proteins gp23, gp18 and gp19 of VR7 show 84.9%, 71.3% and 69.9% aa identity respectively with adequate proteins of T4.
In total, 43 PE, 43 PM and 44 PL have been identified in VR7. Moreover, phage VR7 encodes homologues of all transcription-associated proteins of T4.
The functional complementation experiments of VR7 MotA, sharing only 34% amino acid sequence identity with MotA of T4, have been performed. It has been demonstrated, that the presence of plasmid encoded VR7 MotA complements the T4motAΔ mutant for growth in E. coli, and activates middle-mode transcription during the growth of T4motA-.
Bacteriophages VR5, VR7 and VR20 have been characterized. It has been demonstrated that these phages... [to full text] / Nustačius 169,285 b.p. bakteriofago VR7 genomo nukleotidų seką aptikta viena tRNRMET ir 293 hipotetiniai ASR. Du šimtai vienuolika šio fago genų koduoja baltymus, kurie yra 30% ‒ 97% homologiški atitinkamiems fago T4 baltymams. Keturiasdešimt šeši fago VR7 baltymai neturi analogų T4, bet yra homologiški įvairių kitų T4 giminingų fagų baltymams, 9 baltymai nėra artimi T4-giminingų fagų koduojamiems baltymams, o 27 bakteriofago VR7 ASR koduoja baltymus, kuriems homologų NCBI duomenų bazėje nėra. Fago VR7 genome nėra genų, koduojančių bakteriofago T4 : α ir β gliukoziltransferazes (α-gt , β-gt) , DNR endonukleazes SegA, SegB, SegC, SegD, DNR metilazę Dam, dCMP hidroksimetilazę gp42, atsparumą akriflavinui sąlygojantį baltymą Ac bei ląstelės šeimininkės σ32 fosforilinime dalyvaujančio mrh geno produkto. Nustatyta, kad GC sudaro 40,3% fago VR7 genominės DNR, kai tuo tarpu fago T4 - 35%. Taipogi nustatyta, kad VR7 gp18, gp19 ir gp23 yra tik 71.3% , 69.9% ir 84.9% homologiški atitinkamiems fago T4 baltymams.
Tiriant bakteriofago VR7 transkripcijos reguliaciją buvo aptikti 43 ankstyvieji, 43 vidurinieji bei 44 vėlyvieji promotoriai. Šio fago genominėje DNR taip pat buvo identifikuoti visų fago T4 transkripcijos reguliacijoje dalyvaujančių baltymų homologai.
Klonavus bakteriofago VR7 geną motA buvo atliktas funkcinės komplementacijos tyrimas fago T4motA- sistemoje in vivo. Nustatyta, kad plazmidėje koduojamas fago VR7 viduriniosios transkripcijos aktyvatorius MotA, kurio... [toliau žr. visą tekstą]
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LABT_ETD/oai:elaba.lt:LT-eLABa-0001:E.02~2010~D_20100702_105235-60207 |
| Date | 02 July 2010 |
| Creators | Kalinienė, Laura |
| Contributors | Meškys, Rolandas, Sasnauskas, Kęstutis, Šikšnys, Virginijus, Čitavičius, Donaldas, Staniulis, Juozas Benediktas, Sužiedėlienė, Edita, Matulis, Daumantas, Nivinskas, Rimantas, Truncaite, Lidija, Vilnius University |
| Publisher | Lithuanian Academic Libraries Network (LABT), Vilnius University |
| Source Sets | Lithuanian ETD submission system |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | Doctoral thesis |
| Format | application/pdf |
| Source | http://vddb.laba.lt/obj/LT-eLABa-0001:E.02~2010~D_20100702_105235-60207 |
| Rights | Unrestricted |
Page generated in 0.0024 seconds