La capacit?? de r??g??n??ration des foies de mammif??res est consid??rable. Suite ?? une h??patectomie partielle, les h??patocytes entrent de fa??on synchrone dans un ??tat de prolif??ration dans lequel ils quittent simultan??ment la phase G0 pour entrer en phase G1. Nous nous sommes int??ress??s aux changements ??pig??n??tiques et transcriptionnels qui surviennent durant ce processus. Pour ce faire, nous avons g??n??r?? des donn??es de ChIP-seq pour diff??rents temps suivant cette chirurgie pour :
- la polym??rase II (pol II),
- la polym??rase III (pol III),
- les marqueurs ??pig??n??tiques H3K4me3 et H3K36me3,
- ainsi que le cofacteur de transcription HCF-1.
Ces donn??es nous ont permis de suivre et d???explorer les modifications dans la transcription et les changements ?? travers le g??nome durant la r??g??n??ration h??patique.
La chromatine a ??t?? pr??par??e ?? partir de huit points dans le temps diff??rents suivant l'h??patectomie partielle (1h, 10h, 20h, 28h, 36h, 44h, 48h et 60h). Les ??chantillons ont ??t?? s??quenc??s avec la technologie dite "paired-end" (chaque fragment donne lieu ?? deux lectures de 50 ou 100 nucl??otides, une pour chaque bout) permettant la localisation pr??cise et la longueur exacte de chaque fragment s??quenc?? sur le g??nome. En moyenne, 225 millions de s??quences ont ??t?? obtenues pour chaque ??chantillon, puis cartographi??es sur le g??nome murin (C57BL6/J, assemblage MGSCv37/mm9, juillet 2007).
De fa??on consistante avec une synchronisation robuste du cycle de division cellulaire, les patrons de transcription des g??nes du cycle cellulaire (par exemple, les cdks et les cyclines) r??v??lent un ??tat actif ou inactif bien d??fini qui corr??le avec l'activit?? attendue du g??ne. Nous avons effectu?? une premi??re analyse globale de l'occupation par la pol II ?? travers les diff??rents points dans le temps et avons identifi?? 9 423 g??nes montrant un changement significatif dans la fixation de la polym??rase au promoteur. En groupant les g??nes ayant un profil similaire, nous avons remarqu?? une concordance significative entre le point dans le temps du cycle cellulaire pendant lequel la pol II est pr??sente de fa??on maximale au promoteur des g??nes et la fonction qui leur est reli??e. Nous continuons d???explorer g??ne par g??ne, les variations au niveau des marqueurs ??pig??n??tiques, en fonction du profil de fixation de la pol II. Aucune analyse n???a cependant encore d??but?? en ce qui concerne la pol III et le facteur de transcription HCF-1.
L'analyse continue de la transcription des g??nes du cycle de division cellulaire durant ce processus de r??g??n??ration h??patique vous sera pr??sent??e.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QSHERU.3/69 |
| Date | January 2014 |
| Creators | Villeneuve, Dominic |
| Contributors | Herr, Winship, Gaudreau, Luc R. |
| Publisher | Universit?? de Sherbrooke |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | M??moire |
| Rights | ?? Dominic Villeneuve |
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