Orientador: Renate Krause Sakate / Resumo: A espécie Arachis pintoi, conhecida como amendoim forrageiro, é uma leguminosa nativa do Brasil. Muitas são as utilidades atribuídas ao amendoim forrageiro, sendo seu uso mais comum como espécie forrageira, fornecendo alimento em grande quantidade e qualidade aos animais, em plantios puros ou consórcio com gramíneas. A ocorrência de sintomas de viroses em genótipos e cultivos de amendoim forrageiro tem sido observada por pesquisadores em diferentes estados brasileiros. No Brasil, apenas duas espécies virais já foram relatadas: o Peanut mottle virus- PeMoV e o Cowpea mild mottle virus - CpMMV. O objetivo deste trabalho foi estudar os vírus de plantas de amendoim forrageiro do Banco de Germoplasma da Embrapa Acre e detectar viroses em plantas de pimenta Cumari-do-Pará. Para detectar possíveis vírus nesses genótipos, uma análise de sequenciamento de nova geração foi realizada. A extração total de RNA dos 22 acessos foi realizada com o kit RNA Viral PureLink (Invitrogen) seguida de preparação da biblioteca e sequenciamento do transcriptoma utilizando a plataforma Illumina HiSeq2500. A montagem de novo das leituras de 24.659.442 foi realizada usando o software CLC Genomics Workbench v7.0.3. Os 9.709 contigs obtidos foram submetidos a uma pesquisa BLASTn usando o software Geneious v.9.1.5. A análise metagenômica permitiu a identificação de sete espécies de vírus: Peanut mottle virus - PeMoV (Potyvirus), Cucumber mosaic virus sub-grupo IB (Cucumovirus), Cowpea chlorotic mottle virus... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The species Arachis pintoi, known as forage peanuts is a native legume from Brazil. There are many uses attributed to forage peanut, being its most common use as a forage species, providing food in large quantity and quality to the animals, in single crops or consortium with grasses. The occurrence of virus symptoms in forage peanut genotypes and crops has been observed by researchers in different Brazilian states. In Brazil, only two viral species have been reported: Peanut mottle virus-PeMoV and Cowpea mild mottle virus-CpMMV. The objective of this work was to study the forage peanut plant viruses of the Embrapa Acre Germplasm Bank and to detect viruses in Cumari-do-Pará pepper plants. To detect possible viruses in these genotypes, a new generation sequencing analysis was performed. Total RNA extraction from the twenty-two accessions was performed with the PureLink Viral RNA Kit (Invitrogen) followed by library preparation and transcriptome sequencing using the Illumina HiSeq2500 platform. Re-assembly of the 24,659,442 readings was performed using the CLC Genomics Workbench v7.0.3 software. The 9,709 contigs obtained were subjected to a BLASTn search using the Geneious v.9.1.5 software. Metagenomic analysis allowed the identification of seven virus species: Peanut mottle virus - PeMoV (Potyvirus), Cucumber mosaic virus subgroup IB (Cucumovirus), Cowpea chlorotic mottle virus - CCMV (Bromovirus) and a probable new member of the Potyviridae family, and also new species of the... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UNESP/oai:www.athena.biblioteca.unesp.br:UEP01-000931357 |
| Date | January 2020 |
| Creators | Pantoja, Késsia de Fátima da Cunha |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agronômicas (Campus de Botucatu). |
| Publisher | Botucatu, |
| Source Sets | Universidade Estadual Paulista |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | text |
| Format | f. |
| Relation | Sistema requerido: Adobe Acrobat Reader |
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