Fusobacterium necrophorum är en gramnegativ anaerob bakterie som grupperas i ss. necrophorum och ss. funduliforme. Fusobacterium necrophorum ss. funduliforme har på senare tid misstänkts kunna spela en roll vid vanligare svalginfektioner såsom halsfluss. Syftet med detta arbete var att sätta upp och bepröva en metod för realtids-PCR (Polymerase Chain Reaction) enligt Taqman för att detektera ss funduliforme. Vi undersökte även hur förvaringstiden i transportmedium (Amies kol, Copan) och odlingsmedium (Fastidious Agar Broth) påverkar överlevnaden för F. necrophorum ss. funduliforme och resultatet från realtids-PCR. Bakteriesuspension av varierande koncentration applicerades på provtagningspinnar som direkt inkuberades i medium, varefter en pinne av vardera koncentration utodlades och DNA extraherades för varje dag försöket pågick. En serie 10-spädningar av extraherat DNA från ss funduliforme ,med en lägsta koncentration av 10 DNA-molekyler per µL, användes som standard och positiv kontroll för PCR. Fusobacterium necrophorum ss funduliforme kunde detekteras med realtids-PCR från alla prov under alla dagar försöket pågick, medan odlingarna visade bäst resultat om provet såddes ut inom ett dygn från provtagningen. Realtids-PCR kan därför detektera förekomsten av ss funduliforme efter längre förvaring och bör användas för exempelvis transporterade prover, medan traditionell utodling med fördel kan användas för diagnostering av ss fundulforme då PCR inte ger information om antibiotikaresistens hos isolatet. / Fusobacterium necrophorum are Gram-stain negative, anaerobic, bacteria that are grouped into subspecies necrophorum and funduliforme. Fusobacterium necrophorum ss. funduliforme has recently been suspected to play a role in common throat infections such as tonsillitis. The purpose of this work was to set up and test a method for real-time PCR (Polymerase Chain Reaction) according to Taqman with the purpose of detecting ss. funduliforme. We also examined how the storage time within transport medium (Amies charcoal, Copan) and culture medium (FAB-broth) affects the survival of the bacterium and the sensitivity of the culture and PCR methods. Bacterial suspensions of different concentrations were applied to pharyngeal sampling swabs and then directly incubated in transport medium. For each day the experiment lasted, a set of swabs of each concentration were cultured, DNA extracted, and real-time PCR performed. DNA extracted from ss. funduliforme was used as standards for the real-time PCR, with a minimum concentration of 10 DNA molecules per μL. Subspecies funduliforme could be detected from all days with real-time PCR while the cultures showed the best results if the sample was cultured within one day of collection. Real-time PCR can detect the presence of ss. funduliforme after prolonged storage and can therefore show accurate results for transported samples. Traditional culturing on growth medium is still a valuable and reliable method, provided that the samples are cultured within 24 hours. Culture may also be needed i.e. since PCR gives no information of the antibiotic resistance of the isolate.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:lnu-9216 |
| Date | January 2010 |
| Creators | Johansson, Olle |
| Publisher | Linnéuniversitetet, Institutionen för naturvetenskap, NV |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | Swedish |
| Detected Language | English |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.002 seconds