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ozatojunior_t_me_sjrp.pdf: 797973 bytes, checksum: 60aec21696ccdd3f5f3f798127a445e0 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho consistiu no seqüenciamento e caracterização molecular das Cadeias Abertas de Leitura (Open Reading Frames - ORFs) 2 e 3 do genoma do isolado São Paulo do Southern bean mosaic virus (SBMV-SP), completando-se o seqüenciamento de todo o genoma desse isolado. A ORF 2 codifica uma poliproteína (serino protease – VPg – RNA polimerase RNA-dependente) e a ORF 3 um produto com função desconhecida. O seqüenciamento da ORF 2 apresentou 2889 nucleotídeos, incluindo-se o códon de terminação UGA, com 962 aminoácidos deduzidos e massa molecular estimada de aproximadamente 105 kDa. Dentro da ORF 2, localiza-se a ORF 3 contendo 398 nucleotídeos, incluindo-se o códon de terminação UAA, com 132 aminoácidos e massa molecular estimada de aproximadamente 15 KDa. A análise feita a partir das seqüências das ORFS 2 e 3 do genoma do SBMV-SP, quando comparadas com outras espécies do mesmo gênero e isolados do SBMV, depositadas no GenBank, mostrou que a ORF 2 apresenta maior identidade (91,4% na seqüência de nucleotídeos e 95,0% na seqüência de aminoácidos deduzidos) com o isolado de Arkansas. Resultado similar foi obtido em relação à ORF 3 com valores de identidade de 97,0% tanto para as seqüências de nucleotídeos e aminoácidos deduzidos. Dados de filogenia corroboram os dados de identidade. Regiões conservadas do gênero Sobemovirus também foram identificadas, tais como Sítio de Ligação à Capa Protéica (CBPS), a tríade catalítica da serino protease (H-D-S) e a seqüência de heptanucleotídeos (TTTAAAC). A expressão em Escherichia coli da porção C-terminal da RNA Polimerase RNA Dependente (RpRd) produziu uma proteína de fusão de aproximadamente 67 kDa no sistema pMAL c2-x e de 30 kDa no sistema pET 28a. Quando a proteína de fusão foi injetada em coelhos houve a produção de anti-soro específico para a proteína recombinante. / The present work consisted of the sequencing and molecular characterization of the Open Reading Frames (ORFs) 2 and 3 from the São Paulo isolate genome of Southern bean mosaic virus (SBMV-SP), completing the sequencing of all the genome of this isolate. The ORF 2 encodes a polyprotein (serine protease - VPg - RNA dependent RNA polimarase) and the ORF 3 one product with unknown function. The sequencing of the ORF 2 reveals 2889 nucleotides, including the stop codon (UGA), with 962 deduced amino acids e and estimated molecular weight of approximately 105 kDa. Nested in the ORF 2 were found the ORF 3 with 398 nucleotides, including the stop codon (UAA), with 132 deduced amino acids and estimated molecular weight of approximately 15 kDa. The analysis made from the sequences of the ORFs 2 and 3 from the SBMV-SP genome, when compared with other species of the same gender and isolates of SBMV, deposited in the GenBank, showed that the ORF 2 presents higher identity (91,4% in the nucleotide sequence and 95,0% in the deduced amino acids sequence) with Arkansas isolate. Similar result was obtained in relation to the ORF 3 with identity values of 97,0% for the nucleotides and deduced amino acids sequences. Phylogeny data corroborate the identity data. Conserved regions of the Sobemovirus gender had also been identified such as Coat Protein Binding Site (CPBS), serine protease catalytic triad (H-D-S) and heptanucleotide sequence (TTTAAAC). The Expression in Escherichia coli of the C-terminal region of the RNA dependent RNA polimerase produced a fusion protein of approximately 67 kDa in pMAL c2-x system and a 30 kDa protein in pET 28a system. When the fusion protein ...(Complete abstract click electronic access below)
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unesp.br:11449/92490 |
| Date | 16 February 2007 |
| Creators | Ozato Junior, Tadaiti [UNESP] |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista (UNESP), Gaspar, José Osmar [UNESP] |
| Publisher | Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | 72 f. : il. |
| Source | Aleph, reponame:Repositório Institucional da UNESP, instname:Universidade Estadual Paulista, instacron:UNESP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -1, -1 |
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