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Previous issue date: 2009-07-20 / A evolu??o da tecnologia de fabrica??o de circuitos integrados continua obedecendo ? lei de Moore. Entretanto, aplica??es cient?ficas cada vez mais necessitam de recursos de alto desempenho computacional, motivando pesquisadores a propor a acelera??o por hardware dedicado para aumentar o desempenho destas aplica??es. Freq?entemente, devido ? necessidade de rapidez no projeto de tais aplica??es, empregam-se t?cnicas de projeto com emprego de hardware reconfigur?vel. Atualmente, h? um grande aumento em pesquisas de biof?sica molecular com o objetivo principal na concep??o de f?rmacos. Por?m, para se chegar at? a droga e a poss?vel cura de alguma doen?a, diversos procedimentos devem ser empreendidos. Como exemplos podem ser citados experimentos para determinar o comportamento de mol?culas simples ou de prote?nas. As simula??es por din?mica molecular aportam uma variedade de informa??es do sistema molecular em quest?o. Entretanto, para se executar estas simula??es ? necess?rio o aux?lio de recursos computacionais de alto desempenho, devido ? elevada quantidade de c?lculos a efetuar, ? quantidade de informa??es geradas e ? necessidade destas informa??es e resultados em per?odos curtos de tempo, tornando a exig?ncia por computa??o de alto desempenho uma caracter?stica b?sica desta ?rea. Para suprir a exig?ncia computacional de simula??es por din?mica molecular existem plataformas baseadas em FPGAs, que s?o largamente utilizadas como aceleradores de hardware de aplica??es com alto custo computacional. FPGAs s?o amplamente dispon?veis e permitem realizar rapidamente o projeto e a implementa??o de hardware com alto desempenho se comparado a software executando em processadores de prop?sito geral. A principal contribui??o deste trabalho ? uma proposta de m?todo de comunica??o entre uma m?quina hospedeira e uma plataforma de hardware reconfigur?vel baseada em FPGAs, sugerindo uma arquitetura de software para integra??o das plataformas de software e o hardware usado para acelerar aplica??es de simula??o por din?mica molecular. A proposta foi implementada como uma API para organiza??o da comunica??o entre as plataformas em n?veis de abstra??o de servi?o, visando tornar as camadas de software independentes do hardware.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede2.pucrs.br:tede/5061 |
| Date | 20 July 2009 |
| Creators | Sartin, Maicon Aparecido |
| Contributors | Calazans, Ney Laert Vilar |
| Publisher | Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul, Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia da Computa??o, PUCRS, BR, Faculdade de Inform?ca |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS, instname:Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, instacron:PUC_RS |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 1974996533081274470, 500, 600, 1946639708616176246 |
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