Rūta Urbonaitė Arthrobacter spp. plazmidžių tyrimas SANTRAUKA Arthrobacter genties bakterijos yra plačiai tiriamos visame pasaulyje. Jomis domimasi, kadangi įvairūs minėtos genties kamienai sugeba utilizuoti skirtingus pesticidus, N-heterociklinius junginius ir kitus pramonės produktus (pvz. ftalatus). Taigi, bakterijos gali būti panaudotos dirvos detoksikacijai. Nustatyta, kad Arthrobacter sp. kamienai, sugebantys degraduoti minėtus junginius, dažnai turi katabolines plazmides, kuriose yra išsidėstę degradacijos fermentus koduojantys genai. Šios genties skirtingi kamienai turi plazmides, kurių dydis įvairuoja nuo 41 iki 380 kb. Pagrindinis mano darbo tikslas buvo sukonstruoti hibridinį vektorių, kuriame būtų Arthrobacter sp. replikacijos baltymų operonas ir kuris veiktų Arthrobacter genties bakterijose. Pirmiausia, iš VP3 ir PRH1 kamienų buvo išskirtos plazmidės atitinkamai pVP3 ir pPRH. Atlikus 16 sDNR analizę, paaiškėjo, kad abu kamienai priklauso Arthrobacter rhombi genčiai. Buvo nustatyta abiejų plazmidžių seka: pVP3 yra 6135 bp dydžio, GC sąstatas 64,6%, pPRH plazmidės dydis 5000 bp, jos GC sudaro 66%. Abiejų plazmidžių GC reikšmės patenka į Arthrobacter sp. chromosominei ir plazmidinei DNR būdingų reikšmių intervalą: 59%-66%. Atlikus kompiuterinę analizę pVP3 plazmidėje buvo nustatyti 9 ORF, ilgesni nei 200 bp, o pPRH plazmidėje – 6 ORF. Pavyko identifikuoti tik 4 pVP3 plazmidėje aptiktus atviro skaitymo rėmelius (ORF1, ORF3, ORF6 ir ORF7). pPRH plazmidės buvo... [toliau žr. visą tekstą] / Rūta Urbonaitė Investigation of Arthrobacter spp. Plasmids SUMMARY Arthrobacter sp. is being investigated very widely all over the world. Researchers are interested in this genus, because various strains of Arthrobacter sp. are capable to utilise different pesticides, N-heterocyclic compounds and other industrial products (phthalate). So, they can be used in the soil detoxification. It was identified, that Arthrobacter sp. strains capable to utilise above mentioned compounds usually harbour catabolic plasmids, where degradation genes are located. Different strains of this genus harbour plasmids, which size vary from 41 to 380 kb. The main objective of my work was to construct hybrid vector, which had the origin of replication from Arthrobacter sp., as there were no suitable plasmid vectors available for gene cloning and expression purposes for Arthrobacter species until the end of the year 2005, when appeared annoucement about plasmids pART2 and pART3. At first plasmids pVP3 and pPRH were extracted from strains VP3 and PRH1, respectivelly. According to the 16S rDNA analysis, both these strains belong to Arthrobacter rhombi species. Both plasmids were sequenced and it was determined, that pVP3 is 6135 bp size and has GC content of 64,6%, pPRH plasmid is 5000 bp size and it’s GC content is 66%. The GC content of both plasmids are in the range of 59% to 66% for the genus Arthrobacter. Computer analysis revealed 9 ORFs longer than 200 bp in pVP3 and 6 ORFs in pPRH. Only four ORFs... [to full text]
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LABT_ETD/oai:elaba.lt:LT-eLABa-0001:E.02~2006~D_20090908_193918-98519 |
| Date | 08 September 2009 |
| Creators | Urbonaitė, Rūta |
| Contributors | Meškys, Rolandas, Vilnius University |
| Publisher | Lithuanian Academic Libraries Network (LABT), Vilnius University |
| Source Sets | Lithuanian ETD submission system |
| Language | Lithuanian |
| Detected Language | English |
| Type | Master thesis |
| Format | application/pdf |
| Source | http://vddb.library.lt/obj/LT-eLABa-0001:E.02~2006~D_20090908_193918-98519 |
| Rights | Unrestricted |
Page generated in 0.0056 seconds