One considers the bi-allelic model in population genetics which describes a population of genomes evolving under the processes of selection, mutation, recombination and drift. A focus is made on the Quasi-Linkage Equilibrium (QLE) phase with recent derivations from Neher and Shraiman, which exists for fast recombinations compared to selection strength and whose dynamics is greatly simplified compared to the general case. Using results in the QLE regime along with Direct Coupling Analysis (DCA) one can infer fitness landscape in a population, in particular epistasis coefficients. Following these ideas, we investigate here in detail a relation between population size, recombination rate and epistasis variance describing where the QLE regime breaks down, from a DCA-inference point of view. In particular, we find that there is no clear variation of the critical recombination rate with population size, but that as expected there is a linear dependence between the standard deviation of total epistasis and that critical recombination rate. / I examensarbetet behandlas modeller i populationsgenetik med två alleler per lokus. Modellerna beskiver hur en mängd genom ändras över tid under inflytande av naturligt urval, mutationer, rekombination och genetisk drift. Fokus ligger på en fas icke-egentlig linkagejämvikt (Quasi Linkage Equilibrium, QLE) med härledningar av Neher och Shraiman. Denna fas finns när rekombination är en snabb process relativt det naturliga urvalet, och förenklar dynamiken avsevärt jämfört med det allmäna fallet. Med användning av resultat som gäller i QLE samt direktkopplingsanalys (Direct Coupling Analysis, DCA) kan man härleda urvalslandskapet i vilket en population befinner sig i, särsklit epistaskoefficienter. Med användning av dessa ideer undersöker vi här i detalj ett samband mellan populationsstorlek, rekombantionshastighet och epistasspridning som beskriver var QLE slutar gälla, från ett DCA- inferens-perspektiv. Vi finner att det inte finns något klart samband mellan den kritiska rekombinationshastigheten och populationsstorleken, men som väntat ett linjärt förhållande mellan epistasvariationen och den kritiska rekombinationshastighete.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-296875 |
| Date | January 2021 |
| Creators | Zorrilla, Luc |
| Publisher | KTH, Fysik |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-SCI-GRU ; 2021:041 |
Page generated in 0.0158 seconds