Magíster en Bioquímica área de Especialización en Bioquímica Clínica y Memoria para optar al Título de Bioquímico / La neumonía adquirida en la comunidad (NAC) es una inflamación del epitelio respiratorio
que afecta mayormente a menores de 5 años y mayores de 75 años. En el mundo es la 3°
causa de muerte con un 6,7% de mortalidad y en Chile representa el 20% de la mortalidad
en la población general, constituyendo un problema de salud pública. En adultos los
agentes etiológicos más frecuentes son bacterianos; sin embargo, en los últimos años se ha
reconocido a los virus respiratorios como causa frecuente de NAC, siendo los más comunes
el virus influenza (FLU), respiratorio sincicial (VRS), parainfluenza (PiV) y adenovirus
(AdV). Los adultos presentan una menor excreción viral, por lo que se requieren técnicas
de mayor sensibilidad. Existen diversos métodos para el diagnóstico, incluyendo la
detección de antígenos por inmunofluorescencia (IF), de genoma por la reacción en cadena
de la polimerasa con transcripción reversa (TR-RCP) en tiempo real y la más reciente
Luminex®, de la cual existen pocas publicaciones que avalen su efectividad y no se dispone
de información en nuestro país, a pesar de su gran potencialidad. En este trabajo se
comparó la efectividad de las técnicas de IF, TR-RCP en tiempo real y Luminex®, en la
detección de virus respiratorios, en muestras de adultos con NAC, analizando su
rendimiento, complejidad de ejecución y costos de implementación.
Se estudiaron 113 pacientes mayores de 18 años hospitalizados por NAC. De cada uno se
registraron los antecedentes clínicos y se obtuvo una muestra respiratoria para detectar
virus por IF clásica (FLU A/B, VRS, PiV 1-3, AdV con Sigma® y Metapneumovirus
(MPVh) con Hybrid Diagnostics®) y rápida (Hybrid Diagnostics®); por TR-RCP en tiempo
real con el sistema comercial multiplex para virus respiratorios (Sacace Biotechnologies®)
y por Luminex® (xTAG® RVP). Se analizó el rendimiento de las técnicas con
características demográficas y clínicas de los pacientes mediante las pruebas estadísticas: Z,
t y de correlación de Pearson con un p< 0.05 como significativo. Se determinó la
sensibilidad, especificidad, valores predictivos, coeficiente de concordancia Kappa (κ), la
curva ROC y las áreas bajo la curva (AUC) con el programa estadístico GraphPad Prism®.
El rendimiento de la RT-RCP (49,6%) y de Luminex® (53,1%) fue similar (p=0,6) y ambos
fueron significativamente mayores que la IF clásica (2,7%) y rápida (0%) (p=0). Rinovirus (RVh, 31,8%) y FLU A/B (14,2%) fueron los agentes detectados con mayor frecuencia.
Luminex® coincidió con la TR-RCP en todas las detecciones de VRS (4,4%) y MPVh
(1,8%) y fue el único que detectó Coronavirus (CoVh, 1,8%). La IF clásica solo detectó 1
caso de VRS (1%) y 2 de FLU A/B (1,9%). Respecto a la TR-RCP, la sensibilidad,
especificidad, coeficiente κ y la AUC de Luminex® fue 89,9%, 82,5%, 0,7 y 0,86 y de la IF
clásica fue 11,5%, 100%, 0,2 y 0,53 respectivamente. Se estableció una relación
inversamente proporcional entre la fluorescencia (MFI) de Luminex® y el Ct de la TR-RCP
para las detecciones coincidentes del total de muestras y las de RVh (p<0,0001). No se
encontraron diferencias significativas en los datos demográficos, clínicos y de evolución
entre los pacientes con detección viral por Luminex® y por RT-RCP. Luminex® permitió
estudiar simultáneamente un mayor número de virus y de muestras, pero su costo y tiempo
de procesamiento son más altos que las otras técnicas.
En conclusión, Luminex® posee una buena sensibilidad y especificidad para detectar virus
respiratorios en adultos con NAC, en comparación a la TR-RCP, por lo que esta técnica es
una opción apropiada para el diagnóstico viral de estos pacientes aunque su
implementación en la rutina de un laboratorio puede estar dificultado por su aun alto costo.
Por el contrario, la IF no debiera usarse en la detección de virus respiratorios en adultos / Community acquired pneumonia (CAP) is an inflammation of the respiratory epithelium. It
affects mostly children younger than 5 and adults older than 75 years. It’s the third cause of
death worldwide, with a 6.7% mortality rate and represents a 20% mortality in general
population in Chile, becoming a public health problem. In adults, the most frequent
etiologic agents are bacteria; but in the last few years, respiratory viruses were
acknowledged as frequent causes of CAP; influenza virus (FLU), respiratory syncytial virus
(RSV), parainfluenza virus (PiV) and adenovirus (AdV) being the most common. Adults
present low viral excretion, for it is required techniques with great sensibility. There are
various diagnostics methods, including antigen detection by immunofluorescence assay
(IFA), genome detection by real time polymerase chain reaction with retrotranscription
(RT-PCR) and the most novel Luminex®, of which are few papers that prove its effectivity
and there is no information for our country, despite its great potential. In this work, the
performance of IFA, real time RT-PCR and Luminex® was compared in the detection of
respiratory viruses in adults with CAP, analyzing performance, execution complexity and
mounting costs.
113 patients above 18 years hospitalized with CAP were enrolled. For each one, clinical
data were registered and a respiratory sample was obtained for detecting respiratory viruses
by classic IFA (FLU A/B, PiV 1-3, RSV, AdV, Sigma®; human Metapneumovirus
(hMPV), Hybrid Diagnostics®), fast IFA (Hybrid Diagnostics®), multiplex real time RTPCR
for respiratory virus (Sacace Biotechnologies®) and by Luminex® (xTAG® RVP).
Performance of each technique and demographic and clinical data were analyzed by
statistical tests: Z, t and Pearson correlation with a p<0.05 as significate. Sensitivity,
specificity, predictive values, Kappa (κ) value, ROC curve and area under curve (AUC)
were calculated using GraphPad Prism® statistical software.
In respiratory virus detection, the performance of RT-PCR (49.6%) and Luminex® (53.1%)
were similar (p=0.6) and both were significantly higher than classic (2.7%) and rapid IFA
(0%) (p=0). Human rhinovirus (hRV, 31.8%) and FLU A/B (14.2%) were the most
frequently detected agents. Luminex® presented the same detections as RT-PCR for RSV
(4.4%) and hMPV (1.8%) and was the only one able to detect human coronavirus (hCoV,
1.8%). Classic IFA only detected 1 case of RSV (1%) and 2 of FLU A/B (1.9%). In
comparison to the RT-PCR, sensibility, specificity, Kappa value and AUC obtained by
Luminex® was 89.9%, 82.5%, 0.7 and 0.86 and the values obtained by classic IFA was
11.5%, 100%, 0.2 and 0.53. An inverse proportional relation was established between
Luminex® fluorescence (MFI) and RT-PCR Ct values for coincident detection in all
samples and for hRV detection (p<0.0001). There are no significant differences in
demographic, clinical and disease evolution data between patients with viral detection by
Luminex® or RT-PCR. Luminex® possesses the biggest sample processing capability and
viral type detection, but is more expensive and has the biggest processing time lapse than
the other techniques.
Finally, Luminex® possesses a high sensibility and specificity for detecting respiratory
viruses in adults with CAP in comparison to RT-PCR, showing that it is a good and
appropriate option for viral diagnosis in these patients, although its implementation in a
routine diagnostic laboratory could be difficult for its high costs. On the contrary, classic
IFA had a low performance and should not be used in detecting respiratory viruses in
adults / Fondecyt
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UCHILE/oai:repositorio.uchile.cl:2250/138499 |
| Date | January 2014 |
| Creators | Prades Pérez, Yara |
| Contributors | Luchsinger Farías, Vivian Rose, Contreras Osorio, Inés, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas |
| Publisher | Universidad de Chile |
| Source Sets | Universidad de Chile |
| Language | Spanish |
| Detected Language | Spanish |
| Type | Tesis |
| Rights | Atribución-NoComercial-SinDerivadas 3.0 Chile, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/cl/ |
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