Une carte génétique densément peuplée en marqueurs SNP a été construite pour le mil en utilisant une population de 93 individus F2. D’abord, un nouveau protocole de génotypage par séquençage (GBS) impliquant une combinaison d’enzymes de restriction PstI-MspI avec des amorces PCR incluant trois bases sélectives a été utilisé pour obtenir 3 321 marqueurs SNP. Suite à plusieurs procédés de filtration, 314 marqueurs SNP non-redondants distribués sur sept groupes de liaison ont permis de construire une carte couvrant une distance génétique totale de 640 cM avec un intervalle moyen de 2,1 cM entre marqueurs SNP. La taille des groupes de liaison variait considérablement (62 cM à 123 cM). Finalement, 19 marqueurs SSR ont été analysés sur les parents de la population afin de trouver ceux qui étaient polymorphes et ainsi faire le pont entre notre carte et celles rapportées précédemment. Parmi eux, quatre marqueurs SSR étaient polymorphes et ont permis d’établir une correspondance entre quatre groupes de liaison de notre carte et ceux des cartes antérieures. La disponibilité d’une telle carte peut être un atout exploitable pour l’identification de régions associées à certains caractères d’importance agronomique. / A high-density SNP genetic map was constructed for pearl millet using a mapping population of 93 F2 individuals. Firstly, a Genotyping by Sequencing (GBS) protocol involving a combination of restriction enzymes PstI-MspI with PCR primers including three selective bases was used to obtain 3,321 SNP markers. Following several filtration processes, 314 non-redundant SNPs distributed over seven linkage groups were used to build a map covering a total genetic distance of 640 cM with an average interval of 2.1 cM between SNPs. The size of the linkage groups varied considerably (62 cM to 123 cM). Finally, 19 SSR markers were analyzed on the parents of the population in order to find those that were polymorphic and thus bridge the gap between our map and those reported previously. Among them, four SSR markers were polymorphic and have established a correspondence between four linkage groups in our map and previous maps. The availability of such a map may be exploitable for the identification of regions associated to some important agronomic characters.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QQLA.2014/30678 |
| Date | 03 1900 |
| Creators | Hassane Moumouni, Kadidiatou |
| Contributors | Belzile, François |
| Publisher | Université Laval |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Rights | © Kadidiatou Hassane Moumouni, 2014 |
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