Ein großer Bereich der Bioinformatik ist die automatische Annotation von Genen. Hier gibt es einige Systeme, die speziell für die Annotation in mitochondrialen Genomen ausgelegt sind. So sind MOSAS1[16], MITOS2[6] und DOGMA3[20] zu erwähnen. Alle können mehr oder weniger automatisch die Proteine, tRNAs und rRNAs annotieren. Keins von ihnen kann aber die Kontrollregionen bzw. den D- Loop vorhersagen.
Diese Arbeit beschäftigt sich mit dieser Lücke und versucht Möglichkeiten zu finden, die eine Automatisierung der Annotation des D-Loop zu erlauben. Als Grundlage für die verschiedenen Annäherungen und die Bewertung der Ergebnisse werden die Annotationen des D-Loops in der NCBI RefSeq 464[13] benutzt. Hier wird eine besondere Aufmerksamkeit auf die Säugetiere gelegt. Dies ist damit begründet, dass es sich dabei um eine übersichtliche Gruppe mit vielen annotierten D-Loop Regionen handelt. So werden mit den Programmen Fragrep [12] und Blast [1] versucht einzelne Merkmale aus dem D-Loop zu annotieren. Diese werden dann zu einer gesamt Annotation des D-Loops im D-Loop-Finder zusammengesetzt.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:DRESDEN/oai:qucosa:de:qucosa:17066 |
| Date | 23 January 2018 |
| Creators | Externbrink, Fabian |
| Contributors | Middendorf, Martin, Universität Leipzig |
| Source Sets | Hochschulschriftenserver (HSSS) der SLUB Dresden |
| Language | German |
| Detected Language | German |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, doc-type:bachelorThesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, doc-type:Text |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | urn:nbn:de:bsz:15-qucosa2-163403, qucosa:16340 |
Page generated in 0.0025 seconds