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Adaptação e avaliação de triagem virtual em arquiteturas paralelas híbridas

Submitted by Mayara Nascimento (mayara.nascimento@ufba.br) on 2017-05-31T11:34:12Z
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dissertacao-everton-mendonca Copy.pdf: 756322 bytes, checksum: 010382d1618c37e3db7570c6c156e7fa (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T14:02:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1
dissertacao-everton-mendonca Copy.pdf: 756322 bytes, checksum: 010382d1618c37e3db7570c6c156e7fa (MD5) / A Triagem Virtual é uma metodologia computacional de busca de novos fármacos que verifica a interação entre moléculas (ligantes) e alvos macromoleculares. Este trabalho
Objetivou a adaptação de uma ferramenta de Triagem Virtual para arquiteturas paralelas
com GPUs e multicore e avaliação dos seus resultados, buscando com isso aumentar o desempenho
da triagem, reduzindo seu tempo de execução e, consequentemente, permitindo
a escalabilidade do número de moléculas envolvidas no processo. A ferramenta escolhida
Para este propósito foi o Autodock devido a sua ampla adoção dentre os pesquisadores
de novos fármacos que utilizam a Triagem Virtual. Três implementações foram criadas
abordando diferentes técnicas de paralelismo. A primeira foi uma versão multicore onde
foi utilizado OpenMP, a segunda foi uma implementação em GPUs utilizando CUDA e
porém, foi criada uma implementação híbrida utilizando a versão multicore e a versão
para GPUs em conjunto. Em todas as abordagens foram alcançados bons resultados em
relação ao tempo de execução total, porém a versão híbrida foi a que obteve os melhores
resultados. A versão multicore alcançou speedups, ou ganhos de desempenho, da ordem
de 10 vezes. A versão para GPUs alcançou speedups da ordem de 28 vezes e a híbrida
de 85 vezes. Com estes resultados foi possível determinar que o uso de plataformas de
execução paralelas podem, efetivamente, melhorar o desempenho Triagem Virtual.

Identiferoai:union.ndltd.org:IBICT/oai:192.168.11:11:ri/22716
Date22 November 2016
CreatorsJesus, Éverton Mendonça de
ContributorsBarreto, Marcos Ennes, Barreto, Marcos Ennes, Chavez, Christina von Flach Garcia, Peixoto, Maycon Leone Maciel, Pita, Samuel Silva, Boratto, Murilo do Carmo, Queiroz, Artur Trancoso Lopo
PublisherInstituto de Matemática. Departamento de Ciência da Computação, Mestrado em Ciência da Computação, UFBA, brasil
Source SetsIBICT Brazilian ETDs
LanguagePortuguese
Detected LanguagePortuguese
Typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis
Sourcereponame:Repositório Institucional da UFBA, instname:Universidade Federal da Bahia, instacron:UFBA
Rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess

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