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Dissertação Juliana Sacramento Mota de Souza_PMBqBM-UFBA.pdf: 33818819 bytes, checksum: 7904ea127d9fe97a4dca2dc89cca3c2f (MD5) / FAPESB / O Vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) possui uma ampla variabilidade
genética. Esta diversidade é representada pelos quatro grupos, pelos nove subgrupos do grupo
M e também pelas formas recombinantes destes vírus. Dentre estes, os recombinantes BF tem
se destacado pela alta dispersão global concomitante com o aumento em número e
diversidade. Atualmente quatorze formas recombinantes circulantes (CRFs) BF e inúmeras
formas recombinantes únicas BF (URFs) foram descritas. O objetivo deste trabalho foi
realizar a caracterização molecular e geográfica de isolados virais recombinantes BF do HIV-
1. Para tal, sequências e informações de genomas completos de recombinantes BF do HIV
foram coletadas dos bancos de dados NCBI e Los Alamos. Posteriormente foram realizadas a
caracterização destas sequências, análises filogenéticas, de recombinação e da alça V3 da
proteína glicoproteína 120 (gp120), além de busca por assinaturas nucleotídicas e predição do
coreceptor de entrada viral. Foram encontradas 252 sequências de genoma completo (>7000
pb) de recombinantes BF do HIV oriundas de treze países diferentes, sendo a maioria delas
provenientes de pacientes brasileiros (52,8%). Seis sequências previamente caraterizadas
como recombinantes BF, foram reclassificadas como subtipo B puro. Algumas sequências
formaram agrupamentos monofiléticos com as CRFs já descritas e, portanto, sugere-se a
reclassificação das mesmas. Dentre as sequências avaliadas foram encontrados 114 padrões
distintos de recombinação. A maioria das sequências apresenta recombinação na região pol
(81%; 205/252), seguido das regiões gag (68%; 172/252) e env (54%; 137/252) sendo
encontrado na região tat a menor taxa de recombinação (7%; 17/252). Enquanto em todos os
outros genes acessórios e regulatórios predominou o genótipo B, em vif, o subtipo F
prevaleceu (38%; 96/252). Além disso, foram identificados dois hotspots entre as sequências
analisadas: um encontrado em 35 sequências (13,9%) na região entre as posições 5360 – 5390
do gene acessório vif e outro em torno da posição 9356 da região nef (11% das sequências).
Foram identificadas assinaturas nucleotídicas conservadas exclusivas para cada CRF_BF
descrita. As mutações mais frequentes foram encontradas na região da transcriptase reversa
foram M41L (NRTIs) e K100N (NNRTIs). De maneira geral, as mutações encontradas nestas
sequências conferem resistência a diversos fármacos sendo que as maiores taxas de resistência
foram encontradas para os antirretrovirais Atazanavir, Saquinavir, Nevirapina, Zidovudina,
Estavudina, Didanosina e Emtricitabina. A predição de uso de coreceptor viral mostrou estes
recombinantes utilizam preferencialmente o coreceptor CCR5 (67,5%) sendo que a CRF42
utiliza exclusivamente este coreceptor, enquanto todas as sequências da CRF39 foram
classificadas como R5X4/X4. Os tetrapeptídeos mais frequentes encontrados na alça V3
foram GPGR (49,4%), GPGQ (20%), APGR (6,7%), GPGK (5,1%), GWGR (4,3%) e GPGG
(2%). Além disso, as sequências com o motivo GPGQ e APGR são preferencialmente
classificadas como R5 e contem o subtipo F na região da alça V3. Pode-se observar que há
uma grande diversidade dos padrões de recombinação evidenciando que a recombinação entre
os subtipos B e F é frequente. / Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) has a wide genetic variability. This diversity
is represented by the four groups, nine subgroups of group M and by the recombinant forms
of these viruses. Among these, the recombinant BF has been distinguished by the high global
dispersion concomitant with the increase in number and diversity. Currently fourteen BF
Circulating Recombinant Forms (CRFs) and BF Unique Recombinant Forms (URFs) forms
have been described. The objective of this work was to perform molecular and geographic
characterization of HIV-1 recombinant BF viral isolates. To that end, complete genome
sequences and information from recombinant HIV BFs were collected from the NCBI and
Los Alamos databases. Subsequently, the characterization of these sequences, phylogenetic
analysis, recombination and the V3 loop of the glycoprotein 120 protein (gp120) were carried
out, as well as the search for nucleotide signatures and prediction of the viral entry coreceptor.
A total of 252 complete genome sequences (> 7000 bp) of recombinant HIV BF from thirteen
different countries were found, most of them coming from Brazilian patients (52.8%). Six
sequences previously characterized as recombinant BF were reclassified as pure B subtype.
Some sequences formed monophyletic clusters with the CRFs already described and,
therefore, it is suggested to reclassify them. Among the sequences evaluated, 114 distinct
patterns of recombination were found. Most of the sequences present recombination in the pol
region (81%, 205/252), followed by the gag (68%, 172/252) and env (54%; 137/252) regions
being found in the tat region at the lowest recombination rate (7%, 17/252). While in all other
accessory and regulatory genes, genotype B predominated, in vif, the F subtype was dominant
(38%, 96/252). In addition, two hotspots were identified among the sequences analyzed: one
found in 35 sequences (13.9%) in the region between positions 5360-5390 of the vif accessory
gene and another around position 9356 of the nef region (11% of sequences). Unique
conserved nucleotide signatures were identified for each CRF_BF described. The most
frequent mutations were found in the reverse transcriptase region were M41L (NRTIs) and
K100N (NNRTIs). In general, the mutations found in these sequences confer resistance to
several drugs, and the highest resistance rates were found for the antiretrovirals Atazanavir,
Saquinavir, Nevirapine, Zidovudine, Stavudine, Didanosine, and Emtricitabine. The
prediction of the use of viral coreceptor showed that these recombinants preferentially use the
CCR5 coreceptor (67.5%) and CRF42 exclusively uses this coreceptor, while all CRF39
sequences were classified as R5X4 / X4. The most frequent tetrapeptides found in the V3 loop
were GPGR (49.4%), GPGQ (20%), APGR (6.7%), GPGK (5.1%), GWGR (4.3%) and
GPGG %). In addition, the sequences with the GPGQ motif and APGR are preferably
classified as R5 and contain the F subtype in the V3 loop region. It can be observed that there
is a great diversity of the recombination patterns evidencing that the recombination between
the subtypes B and F is frequent.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:192.168.11:11:ri/23516 |
| Date | 09 March 2017 |
| Creators | Souza, Juliana Sacramento Mota de |
| Contributors | Cunha, Joana Paixão Monteiro, Franco, Glória Regina, Cunha, Antônio Ricardo Khouri |
| Publisher | Instituto de Ciências da Saúde, Programa Multicêntrico de Pós-Graduação em Bioquímica e Biologia Molecular, PMBqBM, brasil |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFBA, instname:Universidade Federal da Bahia, instacron:UFBA |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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