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Previous issue date: 2007-09-21 / Protein structure prediction is a process in Molecular Biology by way of which the 3D structure of a protein is determined based on known structures of other proteins. This is an important process because the structure of a protein is a determinant factor for its function in the cell. Knowing a protein s structure allows scientists to describe the kind of activity that the protein performs in the cell and to develop drugs to treat diseases. The prediction process is based on similarity between the amino acid sequences that form proteins: the structure of a target protein is predicted by re-using knowledge on proteins whose structures are already determined and whose amino acid sequences are similar to the former s. Therefore, knowledge reuse occurs in the process of predicting protein structure, but without employing a domain ontology. In this work, we apply a technique of ontology-driven knowledge re-use in protein structure prediction aiming at improving the prediction process
in its efficiency and in the quality of the obtained structures. An experiment has been carried out in which the technique was applied to predict the structure of 286 target sequences. There has been improvement as well as loss of quality of predicted structures, whereas a run time performance gain in 38% of the target structures was observed. / Predição de estrutura de proteína é um processo na Biologia Molecular pelo qual a estrutura 3D de uma proteína é determinada com base em estruturas já conhecidas
de outras proteínas. É um processo importante porque a estrutura de uma proteína é um fator determinante para sua função na célula. Conhecendo a estrutura de uma
proteína, os cientistas podem descobrir que tipo de atividade a proteína realiza na célula e criar drogas para combater doenças. O processo de predição é baseado na similaridade entre as seqüências de aminoácidos que formam proteínas: a estrutura de uma proteína alvo é predita reusando conhecimento de proteínas cujas estruturas já foram determinadas e suas seqüências de aminoácidos são similares à seqüência alvo. Portanto, reuso de conhecimento ocorre no processo de predição de estrutura de proteína, mas sem a utilização de uma ontologia de domínio. Neste trabalho, nós
aplicamos uma técnica de reuso de conhecimento baseado em ontologia na predição de estrutura de proteína com o objetivo de melhorar o processo de predição em sua eficiência e qualidade das estruturas obtidas. Um experimento foi realizado no qual a técnica foi aplicada para predizer a estrutura de 286 seqüências alvo. Houve melhorias e perdas de qualidade das estruturas preditas, ao passo que um ganho de performance (tempo de execução) foi observado em 38% das seqüências alvo.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/2888 |
| Date | 21 September 2007 |
| Creators | Pinagé, Kellen Fabiane da Silva |
| Contributors | Brilhante, Virgínia Verônica Bezerra |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-graduação em Informática, UFAM, BR, Instituto de Computação |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -312656415484870643, 600 |
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