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Previous issue date: 2000-09-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A família Geminiviridae compreende um grupo de vírus de plantas que são empacotados em vírions como DNA fita simples e ocorrem como DNA fita simples e fita dupla nas células infectadas. Seu genoma pode ser monopartido ou bipartido. O genoma dos geminivírus bipartidos é dividido em dois componentes genômicos, denominados DNA A e DNA B. Utilizando-se ensaios de PCR, foram detectados geminivírus em plantas sintomáticas de tomateiros (Lycopersicon esculentum), coletadas nos Estados de Minas Gerais e Rio de Janeiro, Brasil. Com oligonucleotídeos degenerados específicos para cada componente, fragmentos de tamanhos esperados, correspondentes aos componentes A e B de geminivírus, foram amplificados a partir do DNA total de tomateiros infectados. Esses resultados confirmaram a natureza bipartida destes geminivírus. Os fragmentos amplificados, contendo as regiões intergênicas mais as seqüências flanqueadoras 3' e 5', foram clonados e seqüenciados. A análise comparativa das seqüências revelou que os fragmentos destes geminivírus apresentam moderada conservação de seqüência com outros membros do gênero Begomovirus e preenchem os requerimentos para serem caracterizados como novos vírus distintos. Suas regiões intergênicas diferem significativamente na seqüência de nucleotídeos, e a seqüência deduzida de aminoácidos da região N- terminal de suas proteínas capsidiais não supera 85% de identidade com outras espécies do gênero Begomovirus. Coletivamente, esses resultados indicam que os dois geminivírus que infectam tomateiro, detectados em plantas coletadas nos Estados do Rio de Janeiro e Minas Gerais, são novas espécies da família Geminiviridae. O geminivírus do Estado do Rio de Janeiro, aqui designado TYhMV ("Tomato yellowish mosaic virus"), foi parcialmente caracterizado com a clonagem e o seqüenciamento completo do componente B. A taxonomia do novo vírus foi confirmada pela análise filogenética baseada na seqüência do componente B e na seqüência deduzida de aminoácidos das proteínas BV1 e BC1. Esses resultados confirmaram que o novo vírus pode ser classificado como uma espécie distinta de Begomovirus, sendo mais relacionado com os Begomovirus TGMV e BGMV, previamente identificados no Brasil. A tentativa de clonagem do componente A completo amplificado com oligonucleotídeos específicos resultou em quatro clones distintos, os quais compartilham a seqüência da região intergênica. Embora estes clones não tenham sido totalmente caracterizados, a comparação de suas regiões intergênicas com a correspondente região do componente B clonado revelou que eles compartilham 98,5% de identidade de seqüência. O alto grau de conservação da seqüência de suas regiões intergênicas indica que o componente B clonado e os clones do componente A pertencem ao genoma de TYhMV. / The Geminiviridae family comprises a group of plant viruses that are packaged as single-stranded DNA in virions and exist as single-stranded and double-stranded DNA in infected cells. Their genome can be either monopartite or bipartite. The genome of the bipartite geminiviruses is spliced between two genomic components, designated DNA A and DNA B. We have used a PCR- based diagnostic assay to detect geminiviruses in symptomatic tomato (Lycopersicon esculentum) plants, collected in the states of Minas Gerais and Rio de Janeiro, Brazil. With degenerate primers specific for each component, the correctly sized fragments corresponding to A and B components of geminiviruses were amplified from DNA extracts of tomato plants. These results confirmed the bipartite nature of these geminiviruses. The amplified fragments corresponding to the intergenic region plus 5' and 3' flanking sequences were cloned and sequenced. Sequence comparison analysis revealed that they share a moderate conservation of sequences with other members of the Begomovirus genus and fit well into the requirements for distinct, new viruses. Their intergenic regions differ significantly in nucleotide sequence and the deduced N-terminal regions of their coat protein share no more than 85% identity with other species of the Begomovirus genus. Taken together, these results indicate that the two tomato-infecting geminiviruses detected in plants collected in the states of Minas Gerais and Rio de Janeiro, Brazil, are distinct, new species of the family Geminiviridae. The tomato-infecting geminivirus from Rio de Janeiro, here designated TYhMV (tomato yellowish mosaic virus), was further characterized by full-length cloning and sequencing of its B component. The taxonomy of the new virus was further confirmed by phylogenetic analysis based on the sequence of the B component and the deduced aminoacid sequence of the BV1 and BC1 proteins. These results confirmed that the new virus may be classified as a distinct species of Begomovirus, more related to other previously characterized Begomovirus from Brazil, such as TGMV and BGMV. Attempts to clone the fully amplified A component with specific primers resulted in four distinct clones, which share the same sequence of the intergenic region. Although these clones have not been fully characterized, comparison of their intergenic region with the corresponding region of the cloned B component revealed that they share 98.5 % sequence identity. The high degree of sequence conservation of their intergenic regions indicates that the cloned B component and the clones of the A component belong to the genome of TYhMV. / Dissertação importada do Alexandria
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:localhost:123456789/10262 |
| Date | 15 September 2000 |
| Creators | Galvão, Rafaelo Marques |
| Contributors | Zerbini Júnior, Francisco Murilo, Brommonschenkel, Sérgio Hermínio, Fontes, Elizabeth Pacheco Batista |
| Publisher | Universidade Federal de Viçosa |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFV, instname:Universidade Federal de Viçosa, instacron:UFV |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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