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Previous issue date: 2006 / O câncer de cólon uterino é apontado mundialmente como o mais incidente
em mulheres, e o HPV tem sido descrito como o principal causador dessa
patogenia. Durante o processo patogênico, o HPV interfere nos mecanismos
gênicos da célula, daí a grande importância dos estudos desenvolvidos com a
técnica de microarranjos que têm apresentado à comunidade científica diversos
genes relacionados à infecção. Como os polimorfismos de base única (SNPs) vêm
sendo associados a susceptibilidade ou não a doença, o presente trabalho
descreve o programa SNP8, o qual foi desenvolvido para a análise de SNPs que
possam ocorrer em regiões codificadoras (CDS) do genoma humano. O programa
SNP8 é de livre acesso pela internet e requer apenas informações a respeito do
gene que se pretende estudar, como nome, ID e símbolos oficiais. Em seguida o
programa inicia a busca e alinha as seqüências RefSeq Exons, encontradas no
banco público do NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) e das ESTs, encontradas no
banco público do UCSC Genome Browser (genome.ucsc.edu). Os SNPs
encontrados entre essas seqüências são armazenados para posteriores análises.
Em um processo passo, o programa busca as seqüências de SNPs já anotadas no
banco público do NCBI e as compara com os SNPs previamente armazenados
pelo programa. As comparações que coincidem são descartadas e as que não
coincidem são propostas como potenciais novos SNPs, os quais são alinhados
com a seqüência CDS do gene em estudo para a determinação da posição desses
potenciais novos SNPs no CDS. Durante a validação do programa foram
encontrados muitos potenciais novos SNPs em regiões CDS, dos quais 53,12%
foram não sinônimos e 46,88% foram sinônimos. Esses SNPs foram confirmados
por 30 70% do total de ESTs analisadas para cada gene. Com a descoberta
desses potenciais novos SNPs para genes importantes relacionados a patogenia
do HPV, nós sugerimos uma análise de confirmação desses potenciais SNPs
encontrados pelo programa SNP8, o que acarretaria numa ampliação do banco
dbSNP, de onde os dados foram retirados. Devido ao programa SNP8 trabalhar
com dados atualizados dos bancos de dados do NCBI e do UCSC Genome
Browser, a comunidade científica está melhor informada dos diferentes SNPs que
podem ser encontrados exclusivamente em regiões CDS do genoma humano
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpe.br:123456789/2019 |
| Date | January 2006 |
| Creators | Cavalcante Camarotti de Lima, Anabelle |
| Contributors | Luiz de Lima Filho, José |
| Publisher | Universidade Federal de Pernambuco |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPE, instname:Universidade Federal de Pernambuco, instacron:UFPE |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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