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Previous issue date: 2014-02-14 / FACEPE / Esnaquinas são peptídeos antimicrobianos (AMPs, do inglês Antimicrobial peptide) pertencentes a família Snakin/GASA, compostos de cerca de 90 resíduos de aminoácidos e 12 cisteínas conservadas, cuja expressão pode ser constitutiva ou induzida por patógenos, conforme observado em Solanum tuberosum. O presente estudo objetivou catalogar genes codificadores para esnaquinas nos transcriptomas de Glycine max e Vigna unguiculata, bem como analisar suas estruturas e expressão, com vistas à identificação e triagem de elementos úteis para programas de melhoramento destas culturas e posterior uso biotecnológico dos peptídeos isolados. Utilizando sequências proteicas de membros da família Snakin/GASA, realizou-se uma busca por homólogos nos transcriptomas das culturas, representadas por etiquetas de sequências expressas (EST, Expressed Sequence Tag), RNA-Seq e bibliotecas de SuperSAGE, como também realizadas análises de genômica comparativa. Um total de 48 possíveis genes codificadores para esnaquinas foram identificados, sendo 20 na soja e 28 no feijão, apresentando grande homologia estrutural com genes desta família (Snakin/GASA), distribuídas em 15 dos 20 cromossomos da soja, bem como em 6 dos 11 cromossomos de Phaseolus vulgaris, refletindo possíveis rearranjos genômicos que as espécies sofreram. A expressão destes genes parece estar associada ao crescimento e desenvolvimento vegetal, resposta a infecção por patógenos e estresses abióticos. As análises de expressão serial mostraram que tanto para estresses bióticos como para abióticos, a expressão destes genes reflete padrões encontrados para a família. Além disso, através da análise de similaridade foi verificada uma ampla diversidade estrutural destes peptídeos antimicrobianos nas culturas estudadas, evidenciando sua diversidade funcional, potencializando seu uso biotecnológico. / Snakins are AMPs - antimicrobial peptides, belonging to the Snakin/GASA family, composed of about 90 aminoacids waste and 12 conserved cysteine, whose expression may be constitutive or induced by pathogens, as observed in Solanum tuberosum. The present study aims to catalogue snakin genes in the transcriptomes of Glycine max and Vigna unguiculata, as well as analyze its structure and expression, aiming the identification and screening of useful elements intending a biotechnological use of the isolated peptides. Using protein sequences from Snakin/GASA family members, it was performed a search for homologues in the cultures transcriptomes, represented by expressed sequence tags (EST), RNA-Seq and superSAGE libraries, we also performed a comparative genomic analysis. A total of 48 possible Snakins were identified, 20 on soybean and 28 on bean, presenting great structural homology with genes from this family (Sankin/GASA), disperse into 15 of the 20 soybean chromosomes, as much as 6 of 11 Phaseolus vulgaris chromosomes, reflecting possible genomic rearrangements in which the species suffered. The expression of these genes showed an association with growth, plant development, and in response to infection caused by pathogens and abiotic stress. The serial analysis shows that either for biotic or abiotic stress, the gene expression reflects patterns found for the family. Trough the similarity analysis it was verified a wide structural diversity of these antimicrobial peptides on the studied cultures, showing its functional diversity and enhancing its biotechnological use.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpe.br:123456789/25250 |
| Date | 14 February 2014 |
| Creators | LIMA, Marx Oliveira de |
| Contributors | http://lattes.cnpq.br/8502570969357785, PANDOLFI, Valesca, BENKO-ISEPPON, Ana Maria |
| Publisher | Universidade Federal de Pernambuco, Programa de Pos Graduacao em Ciencias Biologicas, UFPE, Brasil |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPE, instname:Universidade Federal de Pernambuco, instacron:UFPE |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
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