Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1
dissertacao_fabiana_fonseca_santos.PDF: 358501 bytes, checksum: 566ce94854cb74cc7a2d26d876462a45 (MD5)
Previous issue date: 2010-08-17 / The understanding of the genetic structure of the oat species can be obtained with the use of microsatellite molecular markers which represent powerful tools in the investigation of genetic parameters. This study aimed to search the identification and characterization of microsatellite markers occurrence in oat through bioinformatics, describing the possible role of individual genes based on the genome of rice and Arabidopsis thaliana. For the development and validation of EST (Expressed Sequence Tags) primers, sequences were obtained from a public database. A total of 7632 oat contigs were obtained after eliminating the redundancy. To characterize SSR (simple sequence repeats) loci, the SSRLocator program was used. For the design of primers, the module containing the program Primer3 was used. A total of 58 primers were found, from which ten were selected for validation by polymerase chain reaction. Ten genotypes were used to assess polymorphism detection ability of primers. Polymorphism was observed in 80% of primers, whereas the rest showed monomorphic bands. The high genetic diversity revealed by microsatellite markers in this study may reflect a high genetic diversity within the germplasm of Avena sativa. / O conhecimento da estrutura genética de diversas espécies de aveia pode ser obtido com o uso de marcadores moleculares microssatélites, os quais representam poderosa ferramenta na averiguação de parâmetros genéticos. Este trabalho teve como objetivo buscar a identificação e a caracterização da ocorrência de marcadores microssatélites em aveia através da bioinformática, descrevendo a possível função de cada um dos genes, com base no genoma do arroz e da Arabidopsis thaliana. Visando o desenvolvimento e a validação de primers, foram obtidos a partir de um banco de dados público de EST (Expressed Sequence Tag) de aveia um total de 7.632 contigs que tiveram eliminada sua redundância, e para caracterização de locos SSR (Simple Sequence Repeat) foi utilizado o programa SSRLocator. Para o desenho de iniciadores foi utilizado no SSRLocator o módulo contendo o programa Primer3 sendo encontrados 58 primers, dos quais dez foram selecionados para a validação através da reação
em cadeia da polimerase. Dez genótipos de aveia foram avaliados quanto ao nível de polimorfismo. Foi verificado polimorfismo em 80% dos primers, sendo que, o restante apresentou bandas monomórficas. A alta diversidade gênica revelada pelos marcadores microssatélites neste estudo possivelmente reflete uma alta diversidade genética dentro do germoplasma de Avena sativa.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpel.edu.br:123456789/1275 |
| Date | 17 August 2010 |
| Creators | Santos, Fabiana Fonseca dos |
| Contributors | CPF:43725678049, http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780819H4, Oliveira, Antonio Costa de |
| Publisher | Universidade Federal de Pelotas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFPel, BR, Biotecnologia |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPEL, instname:Universidade Federal de Pelotas, instacron:UFPEL |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0031 seconds