Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2015-12-17T16:33:56Z
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2015_WosleydaCostaArruda.pdf: 9296287 bytes, checksum: 948dd92adae694c04c1b0c23076481e6 (MD5) / Os RNAs não-codificadores (ncRNAs) constituem um importante subconjunto dos transcritos produzidos nas células dos organismos, pois afetam diversos processos celulares. Embora existam métodos computacionais bastante eficazes para identificar proteínas, a anotação de ncRNAs é hoje objeto de pesquisa intensa, pois suas características e sinais não são ainda completamente conhecidos. Neste contexto, nesta tese, apresentamos uma arquitetura para anotação de ncRNAs baseada no paradigma de Sistema Multiagente. A implementação do sistema, denominado de ncRNA-Agents, usa agentes colaborativos, em que cada agente tem conhecimento e raciocínio (simulando os de biólogos) sobre um aspecto específico de RNA, o que contribui para uma anotação curada de ncRNA, com qualidade associada e explicações baseadas nos resultados das ferramentas usadas pelo sistema para recomendar a anotação. Além disso, foram realizados três estudos de casos com os fungos Saccharomyces cerevisiae, Paracoccidioides brasilienses e Schizosaccharomyces pombe, para avaliar o desempenho do sistema quanto a sua capacidade de anotar ncRNAs conhecidos e de predizer novos ncRNAs. Acesso público a esta ferramenta está em http://www.biomol.unb.br/ncrna-agents. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Non-coding RNAs (ncRNAs) are an important subset of the transcripts produced in the cells of organisms, since they affect many cellular processes. Although there are efficient and fast computational methods to identify proteins, annotation of ncRNAs is now focus of intensive research once their characteristics and signals are not yet entirely known. In this context, in this thesis, we present an architecture for ncRNAs annotation based on the multi-agent system paradigm. The implementation of a system, called ncRNA-Agents, uses collaborative agents, where each agent has knowledge and reasonig (simulating biologists) about a specific aspect of RNA, which contributes to a curated ncRNA annotation, with associated quality and explanations based on the results of the tools used by the system to recommend the annotation. In addition, we performed three case studies with three fungi, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe and Paracoccidioides brasiliensis, to evaluate the performance of the system and its ability to annotate known ncRNAs and predict new ncRNAs. This tool is publicly available at http://www.biomol.unb.br/ncrna-agents.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unb.br:10482/18948 |
| Date | 10 July 2015 |
| Creators | Arruda, Wosley da Costa |
| Contributors | Walter, Maria Emília Machado Telles |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UnB, instname:Universidade de Brasília, instacron:UNB |
| Rights | A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data., info:eu-repo/semantics/openAccess |
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