Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2010. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-04-14T16:42:02Z
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2010_JoseCarlosTedesque.pdf: 1600384 bytes, checksum: e92c9073b0fa5d9c4af01ae4213dcb77 (MD5) / A utilização de recursos computacionais (estações de trabalho e servidores) instalados em instituições de pesquisa e de ensino localizadas em Brasília permitiu
construir em 2006 uma rede Peer-to-Peer, denominada p2pBIOFOCO, que ligava
essas instituições. Essa rede é destinada ao processamento de aplicações de Bioinformática. Nesse sistema, dois problemas impactavam bastante a eficiência do
sistema: a localização dos hosts e o escalonamento de tarefas. Para solucionar o primeiro problema, modificou-se o sistema incluindo-se um novo mecanismo de busca
dos peers. Desse modo, foi implementada uma rede que utiliza o algoritmo de uma
estrutura de armazenamento distribuída, a DHT (Distributed Hash Table) [102],
adotando-se o protocolo Kademlia. Este trabalho visa solucionar o problema de
escalonamento de tarefas no p2pBIOFOCO, implementando uma estratégia que permita incorporar ao p2pBIOFOCO o uso flexível de escalonadores. Mais especificamente,
utilizamos o método WQR como escalonador. Além disso, incluímos um mecanismo de transferência eficiente de dados utilizando o método DP-RR, muito útil para aplicações de Bioinformática. Os experimentos realizados mostraram que o p2pBIOFOCO teve um melhor desempenho com a incorporação desses dois métodos, mostrando que ele pode ser usado para aumentar a capacidade de
processamento tanto de anotação quanto de análises comparativas em projetos de
sequenciamento de alto desempenho. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The use of computer resources (work stations and servers) installed in research and
teaching institutions located in Brasilia allowed us to construct in 2006 a network
Peer-to-Peer, called p2pBIOFOCO that linked that institutions. This network is
intended for processing Bioinformatics applications. In this system, two problems
have been impacted enough the efficiency of the system: the location of hosts and
the scheduling of tasks. To solve the first problem, we changed the system including
a new mechanism for searching peers. Thereby, it was implemented a network
which uses the algorithm of a structure of distributed storage, DHT (Distributed
Hash Table) [102], adopting the protocol Kademlia. This work seeks to solve the
problem of scheduling of tasks in p2pBIOFOCO, implementing a strategy to incorporate the p2pBIOFOCO the flexible use of schedulers. More specifically, we
used the method WQR as scheduler. In addition, we have included a efficient data
transfer mechanism using the method DP-RR, very useful for Bioinformatics applications.
The experiments showed that the p2pBIOFOCO had a better performance with the incorporation of the two methods, showing that it can be used to increase
processing capacity both notation as comparative analyzes in sequencing projects
of high performance.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unb.br:10482/7409 |
| Date | 23 September 2010 |
| Creators | Tedesque, José Carlos |
| Contributors | Walter, Maria Emília Machado Telles |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UnB, instname:Universidade de Brasília, instacron:UNB |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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