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Previous issue date: 2017-02-23 / A Hepatite C é caracterizada por uma infecção crônica e progressiva causada pelo vírus da HCV. A proteína NS3 do vírus está envolvida no seu ciclo replicativo, sendo assim importante alvo de ação de antivirais denominados de ação direta. O inibidor da protease Boceprevir faz parte da primeira geração dessa classe de drogas. Porém, muitos pacientes apresentam resposta virológica não sustentada (RVNS) durante o tratamento devido à incapacidade de supressão da replicação viral. O objetivo desse trabalho foi avaliar a presença de mutações e polimorfismos genéticos na região codificadora da proteína NS3 do HCV em pacientes que apresentam indicação de uso do fármaco Boceprevir que estão associadas com à (RVNS). Amostras de 25 pacientes foram utilizadas para o sequenciamento da proteína NS3 do HCV e avaliadas de acordo com suas mutações através de análise filogenética e de modelagem molecular, mais especificamente, índice de reatividade e simulação de dinâmica molecular. A reconstrução filogenética e as análises de pressão de seleção mostraram que pacientes que apresentaram falha ou recidiva possuem vírus com algumas mutações em regiões na estrutura viral que são próximas aos sítios de ligação com o fármaco Boceprevir. As análises de índice de reatividade mostraram que a probabilidade da ligação covalente ocorrer entre ligante e receptor está associada com a probabilidade de desprotonação do aminoácido S139 da proteína NS3. Já os resultados de dinâmica molecular mostram que a estabilidade da interação fármaco e proteína não é alterada após mutações singulares, sugerindo que o mecanismo de resistência do HCV pode estar associado a uma combinação de mutações ou ainda a aspectos moleculares não analisados no presente trabalho, como mecanismos de acoplamento receptor e ligante e modos de vibração da proteína. / Hepatitis C is characterized by a chronic and progressive infection caused by the HCV virus. The NS3 protein of the virus is involved in its replicative cycle, thus being an important target for the action of so-called direct-acting antivirals. The protease inhibitor Boceprevir is part of the first generation of this class of drugs. However, many patients present unsupported virological response (UVR) during treatment because of inability to suppress viral replication. The objective of this work was to evaluate the presence of mutations and genetic polymorphisms in the coding of the VHC NS3 protein in patients with indication of use of the drug Boceprevir that are associated with unsustained virological response. Samples from 25 patients were used for the sequencing of the VHC NS3 protein and evaluated according to their mutations through phylogenetic analysis and molecular modeling, more specifically, reactivity index and molecular dynamics simulation. Phylogenetic reconstruction and selection pressure analyzes have shown that patients who have failed or relapse have viruses with some mutations in regions in the NS3 protein sequence that are close to the drug binding sites Boceprevir. Reactivity index analyzes have shown that the probability of covalent binding between ligand and receptor occurring is associated with the probability of deprotonation of the S139 amino acid of the NS3 protein. The molecular dynamics results show that the stability of the drug and protein interaction is not altered after single mutations, suggesting that the mechanism of resistance of HCV may be associated with a combination of mutations or molecular aspects not analyzed in the present work, as Receptor and ligand coupling mechanisms and modes of protein vibration.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unesp.br:11449/150401 |
| Date | 23 February 2017 |
| Creators | Sampaio, Heloisa de Carvalho [UNESP] |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista (UNESP), Simões, Rafael Plana [UNESP], Grotto, Rejane Maria Tommasini [UNESP] |
| Publisher | Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UNESP, instname:Universidade Estadual Paulista, instacron:UNESP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 600 |
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