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Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A primeira detecção do vírus Influenza A (H1N1)pdm09 no Brasil aconteceu em maio de 2009, e foi seguida de uma extensa disseminação por toda a população brasileira, com grande impacto em morbidade e mortalidade. Para entender a dinâmica molecular do Influenza A (H1N1)pdm09 no país, a presente tese reuniu sete trabalhos que abordaram a análise filogenética deste agente viral durante e após o período pandêmico (2009 a 2014) e buscou indentificar polimorfismos virais associados à virulência e à resistência ao antiviral Oseltamivir (OST). Para isso, as metodologias realizadas foram o sequenciamento dos genes de hemaglutinina (HA) e neuraminidase (NA) utilizando a metodologia de Sanger e a metodologia de pirosequenciamento para detectar polimorfismos de base única (SNPs). Nossos resultados revelaram a circulação de nove grupos filogenéticos ao longo dos cinco anos do estudo, indicando uma substituição temporal dos grupos e ocasionalmente uma estratificação geográfica. No entanto, nenhum dos grupos filogenéticos identificados foram associados com um pior prognóstico da infecção por influenza. Ao contrário do que foi observado em estudos anteriores, as mutações K-15E e Q310H no gene HA não se associaram ao aumento de virulência, mesmo na infecção de indivíduos imunocomprometidos. Por outro lado, polimorfismos no resíduo 222 da HA, que caracterizaram a presença de quasispecies virais, mostraram uma forte associação com a gravidade da infecção, especialmente em gestantes. Nesta tese, também realizamos a vigilância de marcadores de resistência no gene NA. Entre as amostras analisadas encontramos sete vírus com a mutação H275Y e dois com S247N, esses marcadores estão relacionados com a diminuição de sensibilidade ao antiviral OST
Entre as amostras resistentes, a grande maioria foi detectada na região Sul do Brasil, em pacientes que não receberam OST. Isto sugere uma possível transmissão sustentada do vírus resistentes no país. Embora variantes H275Y resistentes apresentem baixa aptidão viral, a propagação deste vírus pode ocorrer com o ganho de mutações permissivas nos genes HA ou NA. No Brasil, o vírus que circulam desde 2011 apresentaram mutações V241I e N369K no gene NA, que foram, teoricamente, associadas a uma maior aptidão viral da variante resistente. Diante disso, cinco anos após a pandemia observamos que o vírus A (H1N1)pdm09 está estabelecido na população humana com várias substituições genéticas quando comparado com a sequencia da cepa vacinal A/California/07/2009. A maioria destas substituições parecem não ocasionar uma maior gravidade da infecção, e esta pode ser atribuída a outros fatores, tais como fatores genéticos do hospedeiro. Por fim, considerando o risco de surgimento e disseminação de vírus resistentes é importante reforçar o monitoramento viral e também realizar estudos para novas drogas antivirais / The Influenza A (H1N1)pdm09 virus was first detecte
d in May 2009 in Brazil and later resulted
in an extensive spread throughout the Brazilian pop
ulation with a severe impact on morbidity and
mortality. To understand the molecular dynamic of (
H1N1)pdm09 virus in Brazil this thesis grouped
seven papers which approached the phylogenetic reco
nstruction of the virus during and after the
pandemic period (2009 to 2014) and the genomic iden
tification of viral polymorphisms associated with
virulence or antiviral resistance to Oseltamivir (O
ST). For this, we performed genome sequencing,
focusing especially on the hemagglutinin (HA) and n
euraminidase (NA) genes using conventional
Sanger sequencing and PyroMark 96ID to detect singl
e nucleotide polymorphisms (SNPs).
Our results showed that in Brazil nine (H1N1)pdm09
phylogenetic groups circulated along the
five years of the study, indicating a temporal repl
acement of groups and ocasionally a geographic
stratification. However, no phylogenetic group seem
ed to be associated with a worse clinical outcome.
The increased virulence observed in previous studie
s with a 2009 group bearing the genetic markers
K-15E and Q310H was not confirmed in our analyses,
even evaluating an immunocompromised
population. On the other hand, polymorphysms at pos
ition 222 of HA gene, which characterized the
presence of viral quasispecies, showed an associati
on with increased virulence in brazilian samples,
especially in pregnant women. In this study we also
performed surveillance of resistance markers at
the NA gene. From the analysed samples we found sev
en viruses with H275Y and two with S247N
mutation, that diminish the sensibility to oseltami
vir (OST). Among the resistant samples, the large
majority was detected in the Southern region of Bra
zil in patients that did not receive OST. This
suggests a possible sustained transmission of resis
tant virus in the country. Although resistant H275Y
variants have low viral fitness, the spread of this
virus can occur with the gain of permissive mutati
ons
in the HA or NA genes. In Brazil, viruses circulati
ng since 2011 presented mutations V241I and N369K
in the NA gene, which were theoretically associated
with greater viral fitness.
Five years after the pandemic we observed that A (H
1N1)pdm09 is established in the
population with genetic substitutions in all gene s
egments when compared to the vaccine strain
A/California/07/2009. We demonstrated that the majo
rity of those substitutions did not increase the
severity of infection. The worst clinical outcomes
may be attributed to other factors, such as genetic
host factors. Finally, considering the risk of emer
gence and spread of resistant viruses it is importa
nt
to strengthen viral surveillance and also carry out
studies for new antiviral drugs
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/13081 |
| Date | January 2015 |
| Creators | Silva, Paola Cristina Resende |
| Contributors | Filippis, Ana Maria Bispo de, Bellei, Nancy Cristina Junqueira, Silva, Edson Elias da, Bentacor, Gonzalo José Bello, Sá, Glória Regina da Silva e, Siqueira, Marilda Mendonça Teixeira de Agudo |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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