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Previous issue date: 2010 / CNPq Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud-Universidad
Nacional de Asunción (IICS-UNA) / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A tuberculose (TB) é uma importante causa de mortalidade, sendo Mycobacterium
tuberculosis (Mtb) o agente etiológico. Globalmente a família “Latin American-
Mediterranean” (LAM) é responsável por aproximadamente 15% dos casos de TB.
Dentro desta família, recentemente foi descrito um novo polimorfismo caracterizado
por uma deleção de 26,3 kb e designado como LSP RDRio. Esta linhagem é
freqüente (30%) no Rio de Janeiro e dados preliminares sugerem que cepas
pertencentes a este genótipo apresentam maior virulência. Neste contexto, é de
grande importância avaliar a distribuição e transmissibilidade deste genótipo em
nível regional e global. O presente estudo descritivo teve como objetivo,
primeiramente, estudar a variabilidade genética entre isolados de Mtb do Paraguai,
da Argentina e da Venezuela pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU-VNTR 12loci,
países onde existe pouca informação sobre a presença e natureza de genótipos de
Mtb. Outro foco abordado foi o estudo da família LAM, que alberga genótipos de
grande importância em nível regional. Para detectar esta família recentemente foi
descrito um novo marcador genético que implica o estudo da presença do SNP
Ag85C (G103A) por PCR-RFLP. Este marcador pode servir como complemento ao
método de Spoligotyping, para ajudar a classificar certos spoligotypes mal definidos
ou convergentes. O mesmo pode também constituir uma alternativa rápida e simples
para detectar isolados LAM, o que pode ser de grande importância para países de
menos recursos.
Finalmente, estudamos a freqüência da linhagem RDRio ao analisarmos além da
presença do LSP RDRio, outros marcadores para esta linhagem como a deleção de
RD174, a presença de 2 cópias alélicas no MIRU 2 e 1 cópia no MIRU 40 e genótipo
LAM. Quanto ao primeiro objetivo, foi observada uma distribuição ampla diferença
nas famílias de spoligotyping, de acordo com a região estudada. A maior taxa de
agrupamentos de isolados observou-se na população de isolados venezuelanos,
sugerindo um processo de transmissão contínua ou introdução de algumas
linhagens muito tempo atrás. Quanto ao segundo objetivo, foi observado um
comportamento variado do SNP Ag85C em referência ao seu papel como marcador
da família LAM. Nos isolados paraguaios e venezuelanos houve um grau
significativo de concordância com os resultados de spoligotyping enquanto nos
pacientes argentinos houve baixa concordância. A relação entre a presença do SNP
Ag85C (G103A) e o genótipo LAM, entretanto deve ser melhor estudada.
Finalmente, foi observada a presença da linhagem RDRio nos três países, com
maior frequência na Venezuela. A baixa freqüência no Paraguai chama a atenção e
deve ser mais bem estudada. As características genéticas da linhagem RDRio, salvo
poucas exceções, estiveram presentes nos isolados dos três países estudados.
Após construção de árvores tipo MST com base nos spoligotypes, observamos,
como previsto, a família LAM9 como nodo central que contem a linhagem RDRio e
do qual derivam os outros subtipos da família LAM. No entanto, os agrupamentos
dos isolados RDRio nos MST de MIRU-VNTR devem ser melhor estudados.
Concluindo, no presente estudo descrevemos os genótipos circulantes de Mtb nos
três países estudados. Os resultados geraram perguntas interessantes que devem
ser abordados no futuro. / Tuberculosis (TB) still remains an important cause of death and its etiological agent
is Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Globally the “Latin American-Mediterranean”
(LAM) accounts for 15% of the TB cases. Within this family, recently a new Long
Sequence Polymorphism has been described, characterized by a 26,3kb deletion
and assigned as RDRio-LSP. Currently this lineage constitutes the predominant
clade (30%) of TB cases in Rio de Janeiro, and preliminary studies suggest that
strains belonging to this genotype present enhanced virulence. Consequently it is of
considerable importance to evaluate the distribution and the transmissibility of this
genotype regionally as well as globally.
The present descriptive study had three main objectives, starting with the study of the
genetic variability of the Mtb strains of three Latin-American countries, Paraguay,
Argentina, and Venezuela, with little information about the presence and nature of
Mtb genotypes; by using spoligotyping and MIRU-VNTR 12 loci. The other focus was
on the LAM family, which regionally is of extreme importance. To detect this family
recently a new genetic marker has been described, which involves the detection of
the SNP Ag85C (G103A) by PCR-RFLP. This marker allows classifying ill defined
spoligopatterns or convergent spoligopatterns and it constitutes a simple and fast
method, thus an important alternative in low resource countries.
Finally our third goal was to study the prevalence of the RDRio lineage by analyzing
the RDRio-LSP as well as other markers like the deletion of RD174, 2 allelic copies in
MIRU 2 and 1 in MIRU 40, as well as LAM genotype.
Regarding the first objective, the population structure obtained by spoligotyping
varied considerably according to the geographical location.The highest clustering
rate was detected within strains from Venezuela.
As for the second objective, we observed a variable behavior of the SNP Ag85C as a
marker for the LAM family. Both in strains from Paraguay and Venezuela, the marker
had a significant concordance when compared with spoligotyping results.
Nevertheless within Argentinean strains, the opposite was observed. Thus, the
relationship between the presence of the Ag85C (G103A) SNP and the LAM
genotype must be further studied. As for the third objective, we observed the
presence of the RDRio lineage within the three countries, but with the highest
prevalence in Venezuela. The low prevalence observed within Paraguayan strains
deserves more studies. The genetic characteristics of the RDRio lineage were
present within the RDRio strains of the three countries, with some few exceptions.
Expectedly the construction of MST trees allowed us to observe a central node of the
LAM9 family that contained the RDRio lineage and of which other sub-types of the
LAM family derived. The nodes observed within the MST based on MIRU, must be
further analyzed. In conclusion, we managed to describe the genotypes circulating
within the three studied countries. From the results obtained, interesting questions
were posed that should be analyzed in the future.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/5733 |
| Date | January 2010 |
| Creators | Díaz Acosta, Chyntia Carolina |
| Contributors | Miranda, Antônio Basílio de, Kraritski, Afrânio, Fandinho, Fátima, Pessolan, Maria Cristina Vidal, Santos, Adalberto Rezende, Suffys, Philip Noel |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | Chyntia Carolina Díaz Acosta, info:eu-repo/semantics/openAccess |
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