Transposable elements are known to occasionally capture host genetic material. In the case of DNA transposons, such transduplications result in pseudogenic sequences that are eventually lost. An exception is the conserved transduplicated ubiquitin-like-specific protease 1 (ULP1)-like conserved domain (CD) previously described in Kiaonashi (KI) and other MULE (Mutator) transposons, its conservation suggesting it confers an advantage to the transposons and/or their hosts. In the present study, we describe and characterize a previously unreported ULP1-like domain (ONI) found in the Rim2/Hipa transposons of the CACTA superfamily in rice. We show that ONI is conserved amongst the elements, is more related to the KI domain in Arabidopsis than to host gene ULP1 CDs, is most closely related to ULP1 CDs recently found in grapevine CACTA elements and was most likely independently acquired in each of the CACTA and MULE transposons lineages. The discovery of a new conserved ULP1-like transduplicated domain in a different DNA transposon superfamily than previously supports the proposal that the ULP1- CD containing genes in these transposons contribute an evolutionary advantage benefit to the transposons. This suggests that transduplication may be then an evolutionarily significant mechanism for transposons, providing a source of diversity. / Des éléments transposables sont connus pour capturer de temps en temps le matériel génétique de leur hôte. Dans le cas des transposons d'ADN, de tels transduplications ont comme conséquence des pseudogênes qui sont par la suite perdus. Une exception est le domaine transduplicaté conservé d'ULP1 précédemment décrit dans Kionashi (KI) et d'autres transposons de MULE, sa conservation le suggérant confère un avantage aux transposons et/ou à leurs hôtes. Dans la présente étude, nous décrivons et caractérisons un domaine précédemment non rapporté d'ULP1 (ONI) trouvé dans les transposons de Rim2/Hipa du famille superbe de CACTA en riz. Nous prouvons qu'ONI est conservé parmi les éléments, davantage est lié au domaine de KI dans Arabidopsis qu'aux domaines conservés (DC) du gène ULP1 de l'hôte, le plus étroitement est lié aux DC ULP1 récemment trouvés dans des éléments de la vigne CACTA et était le plus susceptible indépendamment acquis dans chacun des lignées de CACTA et de MULE de transposons. La découverte d'un nouveau domaine transduplicaté par ULP1 conservé dans un super-famillie différent de transposon d'ADN qu'appuie précédemment la proposition que les gènes contenant du DC d'ULP1- dans ces transposons contribuent un avantage évolutionnaire avantageux aux transposons. Ceci suggère que le transduplication puisse être alors un mécanisme évolutionnaire significatif pour des transposons, fournissant une source de diversité.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.86634 |
| Date | January 2010 |
| Creators | Sabry, Nadia Hesham |
| Contributors | Thomas E Bureau (Supervisor) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Master of Science (Department of Biology) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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