Le but de ce mémoire était d’élaborer des outils informatiques et de les intégrer à une
chaîne de traitement et d’analyse des données de biopuces. La chaîne d’analyse mise en
place dans ce projet consiste d’abord en SLIMS, un logiciel conçu en PHP et MySQL
utilisant des termes compatibles avec les standards MIAME. Il permet le suivi des
expériences et des échantillons préalablement à l’extraction des ARN pour les expériences
de biopuces. Les données sont prises en charge, à l’aide d’une procédure de transfert, par
le logiciel BASE qui gère l’information relative aux biopuces. Finalement, les analyses de
données sont réalisées avec différents outils disponibles dans Bioconductor et TM4. Un
algorithme a été développé pour annoter tous les gènes de la biopuces. L’analyse d’une
d’expérience comparant des épinettes transgéniques surexprimant le gène LIM2 a été faite à
l’aide de la chaîne de traitement et d’analyse présentée dans ce mémoire. / The goal of this dissertation was to design and implement a microarray analysis pipeline.
The first tool of the microarray pipeline is a web-based LIMS: SLIMS. It allows the storage
of all data related to experiments and samples from harvest to RNA extraction. This tool
was designed in PHP and MySQL allowing easy access and manipulation of the data. A
tranfer algorithm was designed to allow stored data to be automatically integrated into the
BASE software, a tool that allows storage and analysis of microarray data. An annotation
algorithm was also designed in order to annotate genes that are on the microarrays. A
lignin/cellwall annotation was also included to enable the rapid indentification of all the
genes related to the lignin biosynthesis pathway and cell wall assembly. This pipeline was
used to analyze transgenic spruce overexpressing the pine LIM2 gene.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QQLA.2006/23508 |
| Date | 04 1900 |
| Creators | Bérubé, Hugo |
| Contributors | Mackay, John |
| Publisher | Université Laval |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | text/html, application/pdf |
| Rights | © Hugo Bérubé, 2006 |
Page generated in 0.002 seconds