Ce projet s'inscrit dans le programme UVILUQ, le terme inuktitut pour « moule », dont l'objectif est de développer l'utilisation des biopsies liquides chez la moule associée à la bancarisation sur cartes FTA pour le suivi de l'état de santé des écosystèmes côtiers. Cette nouvelle plateforme d'échantillonnage idéale pour les études en milieux éloignés donne accès à une panoplie d'informations sous la forme d'acides nucléiques, dont des biomarqueurs potentiels pour le suivi de l'état de santé des moules. Ce projet s'intéresse à l'un de ces derniers, soit le microbiote bactérien de l'hémolymphe. L'étude du microbiote bactérien chez les espèces sentinelles telles que la moule bleue est un domaine de recherche en expansion. Toutefois, pour pouvoir l'utiliser comme biomarqueur, il est essentiel d'avoir une compréhension étayée de sa variabilité spatiale naturelle à petite échelle afin d'établir des comparaisons de sites valides. Ce mémoire se penche sur la variabilité spatiale à petite échelle de la communauté bactérienne de l'hémolymphe des moules bleues (Mytilus spp.) ainsi que sur les processus biogéographiques sous-jacents. Le premier et seul chapitre présente une étude réalisée dans la moulière de Pointe-Mitis, retrouvée sur la rive sud de l'estuaire du Saint-Laurent, au Canada. Le microbiote de l'hémolymphe de moules provenant de plusieurs aires de la moulière présentant des caractéristiques d'habitat contrastées y a été caractérisé par métataxonomie basée sur l'ARNr 16S, permettant de définir les échelles spatiales de variation et d'avoir un aperçu de l'origine de ces différences. La conclusion générale de ce mémoire revient sur les résultats de cette étude ainsi que sur leur portée quant à l'utilisation potentielle du microbiote bactérien de l'hémolymphe comme biomarqueur. Les perspectives de recherche révélées par cette étude sont également abordées à travers la brève présentation de la deuxième partie de ce projet non incluse dans ce mémoire. Ce projet constitue ainsi un pas de plus vers l'utilisation du microbiote bactérien de l'hémolymphe comme biomarqueur accessible par biopsie liquide pour suivre l'état de santé des écosystèmes côtiers. / This project is part of the UVILUQ program, which mean "mussel" in Inuktitut, aiming to develop the use of liquid biopsy combined with FTA cards to monitor the functional integrity of coastal marine ecosystems. This new sampling method, ideal for remote regions studies, grants access to a large array of potential nucleic acids-based biomarkers to assess how stress factors or xenobiotics impact mussels' health. This project focus on hemolymph bacterial microbiota as one of these potential biomarkers. Studying bacterial microbiota in sentinel species such as blue mussels (Mytilus spp.) is an emerging field of research. However, to use it as a biomarker to evaluate the impact of stress factors, it is essential to have a good understanding of the natural variability at small spatial scales in order to establish valid spatial comparisons. Thus, this thesis is about the small-scale spatial variability of the blue mussels' hemolymph bacterial community and the underlying biogeographical processes. The first and only chapter is a study of the spatial heterogeneity of mussels' microbiota conducted in a local mussel bed in the Canadian St. Lawrence estuary. The hemolymph bacterial community of mussels from different areas presenting contrasting habitat characteristics has been characterized through 16S rRNA gene meta-taxonomy, allowing to identify significant scales of variation and to have a better understanding of the processes behind this variability. The general conclusion of the thesis discusses the results of this study and their implications for the potential use of the hemolymph bacterial microbiota as a biomarker. The research perspectives revealed by this project are also discussed through the brief presentation of the second part of the project that is not included in this thesis. This thesis is another step toward the use of the hemolymph bacterial microbiota through liquid biopsy to monitor the marine coastal ecosystems' integrity.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LAVAL/oai:corpus.ulaval.ca:20.500.11794/109663 |
| Date | 14 February 2023 |
| Creators | Boucher-Fontaine, Jérémie |
| Contributors | Archambault, Philippe, St-Pierre, Yves |
| Source Sets | Université Laval |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | COAR1_1::Texte::Thèse::Mémoire de maîtrise |
| Format | 1 ressource en ligne (xi, 82 pages), application/pdf |
| Rights | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
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