La présence de plusieurs populations génétiquement différenciées et présentant des caractéristiques phénotypiques différentes, nommée biocomplexité, peut avoir un impact positif sur les activités de prélèvements telles les pêcheries. Récemment, il a été établi avec des données télémétriques et génomiques que l'omble chevalier anadrome (Salvelinus alpinus) dans le sud de l'île Victoria au Nunavut serait généralement fidèle à sa rivière natale. L'objectif principal du présent projet est d'établir le potentiel d'une biocomplexité à plus fine échelle, c'est-à-dire, entre des lacs composant le bassin versant de la rivière Ekalluk près de Cambridge Bay (Nunavut, Canada). L'omble chevalier anadrome est d'une grande importance pour les communautés inuites via la pêche de subsistance ainsi que pour leur économie grâce aux pêches sportives et commerciales. Cette dernière supporte, dans la rivière Ekalluk, le plus important quota de pêche de l'espèce au Canada. Le projet est ainsi divisé en trois sous-objectifs: (1) vérifier la présence de différenciation génétique entre les individus de différentes frayères; (2) rechercher des marqueurs possiblement sous sélection dont la présence signifierait une potentielle présence d'adaptation locale et (3) valider la présence de philopatrie par télémétrie. Les données génomiques (génotypage par séquençage, 14 617 marqueurs du polymorphisme nucléotidique simple (SNP)) obtenues pour des ombles de cinq lacs différents ont révélé une structure de population faible, mais significative (F[indice ST] par paire moyen = 0,013). Les tests d'assignation populationnelle ont révélé qu'il était possible de développer un outil permettant d'identifier la provenance des individus capturés dans les pêcheries commerciales lorsque la plupart des populations présentes dans le bassin versant seraient connues (moyenne globale de 91,55% de taux de réussite). De plus, nous avons identifié certaines régions génomiques susceptibles d'être sous sélection, indiquant ainsi la présence possible d'adaptation locale à l'intérieur d'un bassin versant. Enfin, les données de télémétrie acoustique obtenues à partir de 82 poissons marqués provenant de quatre lacs différents indiquaient une grande variabilité dans les déplacements individuels entre les habitats utilisés pour l'alimentation, la fraie et l'hivernage. La structure de la population au sein d'un bassin versant est courante chez les salmonidés, mais elle n'avait jamais été observée chez l'omble chevalier anadrome. Cette étude aura ainsi permis de jumeler à nouveau les outils de télémétrie acoustique et de génomique pour l'étude de l'omble chevalier anadrome dans l'optique de guider la gestion des pêches de ce salmonidé. / The presence of several genetically differentiated populations with different phenotypic characteristics, termed biocomplexity, can have a positive impact on the profitability and sustainability of fisheries. Recently, acoustic telemetry and genomic data provided evidence that anadromous Arctic Char (Salvelinus alpinus) on southern Victoria Island, Nunavut, generally home to natal rivers for spawning yet the prevalence of intra-system philopatry remains unclear. The main objective of this study was to assess the potential for finer-scale homing that is, to specific spawning locations within the Ekalluk River watershed which supports the largest active commercial quota for Arctic Char in Canada. More specifically, using genomic approaches, the project aimed to: (1) test for the presence of significant genomic differentiation among spawning stocks within the watershed; (2)look for highly differentiated markers which may suggest the potential for local adaptation; and (3) validate the presence of philopatry to spawning locations using acoustic telemetry. Genomic data (genotyping by sequencing, 14,617 single-nucleotide polymorphism (SNPs) markers) for Arctic Char from five different lakes revealed weak but significant population structure (mean pairwise F[indice ST] = 0.013). Population assignment success was generally high assigning individuals to their capture location (overall mean of 91.55% success rate) indicating that the development of a mixed-stock fishery genomic-derived tool is possible (assuming all possible locations of origin are sampled). We also identified highly differentiated genomic regions that could potentially be under selection, thus indicating the possibility of within-watershed local adaptation - a hypothesis that would require more data to test appropriately. Finally, the acoustic telemetry data obtained from 82 tagged fish from four different locations indicated great variability in individual movements among the habitats used for foraging, spawning and overwintering, indicating that, while homing is likely, inter-individual and inter-annual variability in migratory behaviour are high. Within-watershed population structure is common in salmonids, but had never been observed in Arctic Char. Our results suggest the presence of biocomplexity within the Ekalluk River watershed, something that future work documenting possible ecological differences among stocks could establish with more confidence.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LAVAL/oai:corpus.ulaval.ca:20.500.11794/71269 |
| Date | January 2021 |
| Creators | Sévigny, Maude |
| Contributors | Moore, Jean-Sébastien |
| Publisher | Université Laval |
| Source Sets | Université Laval |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | 1 ressource en ligne (x, 65 pages), application/pdf |
| Coverage | Nunavut Victoria, Île |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess, https://corpus.ulaval.ca/jspui/conditions.jsp |
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