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Detection and characterization of coronaviruses and other pathogens from bats in Quebec and other regions of Canada

Au cours des deux dernières décennies, il a été démontré que les maladies émergentes et réémergentes sont liées à la santé humaine, animale et environnementale. Les infections zoonotiques sont reconnues comme étant responsables d'au moins 75 % des éclosions d'agents pathogènes dans le monde. Certains virus peuvent muter et infecter un large éventail d'hôtes, qui se propagent parmi les humains et entraînent des épidémies ou des pandémies. Les chauves-souris sont connues pour être les mammifères les plus diversifiés géographiquement et le plus répandu sur Terre et peuvent être trouvées à l'intérieur structures abandonnées, ainsi que de grottes. Au Canada, il existe dix-huit espèces de chauves-souris insectivores et huit d'entre elles se perchent au Québec. Elles peuvent loger beaucoup de pathogènes pendant l'hibernation en raison de leur métabolisme distinct. Elles peuvent aussi excréter beaucoup de particules virales par différentes voies telles que la salive, les excréments et l'écholocation. Le but de ce projet de maîtrise est de caractériser les virus que les chauves-souris pourraient potentiellement transporter au Canada, en mettant l'accent sur la détection des Coronavirus. Le premier objectif est de traiter 250 échantillons (matières fécales et organes) prélevés sur des chauves-souris sauvages, puis d'utiliser d'autres techniques biomoléculaires comme le NGS pour détecter un large spectre de virus chez ces chauves-souris. Les échantillons ont été dépistés pour les Coronavirus et les Rhabdovirus à l'aide de la PCR conventionnelle. La prévalence des Coronavirus chez les chauves-souris semble actuellement être relativement faible au Canada et de nombreux facteurs, y compris le petit nombre d'échantillons prélevés jusqu'à présent, pourraient y avoir joué un rôle. Il serait important de continuer à examiner les échantillons de chauves-souris à plus grande échelle afin de caractériser pleinement les viromes que ces animaux hébergent, pour fournir un avertissement des menaces d'épidémie ou de pandémie à la première occasion. / Over the past two decades, emerging and re-emerging diseases have been shown to be interlinked between human, animal, and environmental health. Zoonotic infections are recognized to be responsible for at least 75% of pathogen outbreaks in the world. Certain viruses can mutate and infect a wide range of hosts, which spread amongst humans and lead to epidemics/pandemics. Bats are known to be the most geographically diverse and widespread mammal on Earth and can be found inside of buildings and houses or abandoned structures, as well as caves. In Canada, there are eighteen species of insectivorous bats and eight of them roost in Québec. They can also harbor plenty of pathogens during hibernation due to their distinct metabolism. They can shed plenty of pathogens through different pathways such as saliva, excreta, and echolocation. The overall goal of this master's project is to characterize the pathogens that bats could be potentially carrying in Canada, with a focus on Coronavirus detection. The first objectiveis to process 250 samples (feces and organs) collected from wild bats in the field in Canada and then using other biomolecular techniques such as NGS to detect for the presence of other bat pathogens. The samples were screened for Coronaviruses and Rhabdoviruses using conventional PCR with no positive results. The prevalence of Coronaviruses in bats currently appear to be relatively low in Canada and, many factors, including the moderately low numbers of samples collected in Canada so far, may have played a role. It will be important to continue collecting and screening bat samples on a larger scale to fully characterize the viromes that these animals harbour, to provide warning of epidemic/pandemic threats at the earliest opportunity

Identiferoai:union.ndltd.org:LAVAL/oai:corpus.ulaval.ca:20.500.11794/71288
Date21 January 2022
CreatorsFrederick, Christina
ContributorsSato, Sachiko, Wong, Gary
Source SetsUniversité Laval
LanguageFrench
Detected LanguageFrench
Typemémoire de maîtrise, COAR1_1::Texte::Thèse::Mémoire de maîtrise
Format1 ressource en ligne (xiii, 67 pages), application/pdf
CoverageCanada.
Rightshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2

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