In this thesis we have developed a user-friendly tool, SeqBuster, for the
analysis of small RNA (sRNA) data generated by next generation sequencing
strategies, with special emphasis on deep characterization of miRNA variants
(isomiRs). We tested the tool using public datasets, revealing an unexpected
amount of isomiRs in the total miRNA profile in different species. In addition,
we detected all known classes of non-miRNA sRNAs and new sRNAs with a
still unassigned function. Furthermore, we studied the implication of miRNAs
and isomiRs in human brain development and aging and in Huntington
disease, concluding that miRNAs/isomiRs may contribute to central nervous
system physiological and pathological conditions. Overall, our results have
uncovered a new layer of complexity in miRNAs, with probable consequences
in mRNA mediated gene expression regulation underlying different biological
functions. Furthermore SeqBuster may be extremely useful to identify sRNA
sequences with a putative regulation role in selective biological processes / En esta tesis hemos desarrollado una herramienta, SeqBuster, para el
análisis de datos de RNA (sRNA) de pequeño tamaño generados por las
nuevas tecnologías de secuenciación, con especial énfasis en la
caracterización de variantes de los miRNAs. Aplicamos la herramienta a
datos públicos de secuenciación, lo que reveló una inesperada abundancia
de isomiRs en diferentes especies. Ademas, detectamos todas las clases
conocidas de otros sRNAs y de nuevos sRNAs con funciones desconocidas.
También estudiamos la implicación de los miRNAs e isomiRs en el desarrollo
y envejecimiento del cerebro humano, y en la enfermedad de Huntington.
Nuestros resultados resaltan una posible importancia de la plasticidad de
secuencia de los miRNAs, con probables consecuencias en la regulación de
la expresión génica, subyacente a varias funciones biológicas. Por último,
SeqBuster, podría ser extremadamente útil para identificar nuevos sRNAs
con una posible función en determinados procesos biológicos.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:TDX_UPF/oai:www.tdx.cat:10803/53576 |
| Date | 26 September 2011 |
| Creators | Pantano Rubiño, Lorena |
| Contributors | Martí Puig, Eulàlia, Estivill, Xavier, 1955-, Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut |
| Publisher | Universitat Pompeu Fabra |
| Source Sets | Universitat Pompeu Fabra |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| Format | 270 p., application/pdf |
| Source | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess, ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. |
Page generated in 0.0022 seconds