En este trabajo se presenta el proyecto molUDLAP, un simulador de Acoplamiento
Molecular (AC) de tipo académico. Primero se presentan algunos de
los aspectos más importantes del AC considerados para el diseño
de este sistema; después se trata el procedimiento para la
realización de dicho proyecto, para el cual se usaron distintos tipos
de APIS en Java de tipo open source. Se presenta una breve descripción
de cada herramienta (API) utilizada, también se describen los objetivos
por los que ha sido utilizada cada una, se hacen algunas observaciones del
trabajo que se ha realizado.
Para el diseño de la aplicación se utilizó como lenguaje
de programación Java debido principalmente a su versatilidad de ser
multiplataforma; también se hizo uso de "Jmol", el cual es un visor
Java de código abierto que se utiliza para visualizar las moléculas
en 3D, los archivos de estas se descargan de la base de datos mundial "Protein
Data Bank" (PDB). / (cont.) Para los procesos necesarios en la preparación de
las moléculas (proteínas y ligandos), en parte de la
simulación se utilizo "Chemistry Development Kit" (CDK); que consiste
en una API en Java con herramientas para el desarrollo de aplicaciones de
tipo bioinformatico, que brinda utilidades en la carga de archivos .pdb,
.sdf, y para la implementación de cargas de Gasteiger, etc. Para el
cálculo de la energía entre las moléculas se propuso
e implemento una fórmula que hace uso de las interacciones que se
dan entre las moléculas; finalmente para la simulación se
implemento un algoritmo genético para recorrer las configuraciones
posibles entre la proteína y el ligando en el espacio de búsqueda
con lo que se obtiene la mejor configuración posible.
En la elaboración de la aplicación se estudiaron algunos de
los distintos métodos (algoritmos) computacionales que existen para
llevar a cabo la simulación del Acoplamiento Molecular, es conveniente
mencionar que en este caso en particular se hizo énfasis en las
técnicas usadas para el acoplamiento de tipo "proteína-ligando".
Finalmente se Analizaron algunas de las herramientas disponibles que se usan
en modelado del Acoplamiento Molecular con la finalidad de tener parámetros
de la entrada y la salida, en este caso se uso a Docking Server
(http://www.dockingserver.com).
.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UDLA-Thesis/oai:ciria.udlap.mx:u-dl-a/tesis/4032053299871 |
| Date | 09 December 2010 |
| Creators | Sepúlveda Robles, Daniel Eduardo |
| Contributors | Dr. Daniel Vallejo Rodríguez, Dr. Mauricio Javier Osorio Galindo, Dr. Fernando Antonio Aguilera Ramírez |
| Publisher | Universidad de las Américas Puebla |
| Source Sets | UDLA-Thesis |
| Language | Spanish |
| Detected Language | Spanish |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Tesis o Disertación Electrónica |
| Format | application/pdf, text/html |
| Coverage | Maestría |
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