Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Diercles Francisco Cardoso / Resumo: O uso intensivo de biotecnologias reprodutivas tem feito com que se eleve a taxa de nascimento de progênies com maior grau de parentesco (maior taxa de nascimento de meio-irmãos e irmãos completos). Assim, o conhecimento sobre o coeficiente da endogamia média do rebanho torna-se relevante para a eficiência do sistema de produção. Com o advento da genômica, o coeficiente de endogamia (F) pode ser estimado com base na informação de milhares de marcadores do tipo polimorfismos de base única (SNPs), espalhados por todo o genoma. No presente estudo, informações de 3.785 animais da raça Nelore (1,760 machos e 2,025 fêmeas) genotipados para 777.962 SNPs do BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) foram utilizadas com o objetivo de avaliar a taxa de endogamia em rebanhos comerciais da raça Nelore, bem como investigar o seu efeito (depressão endogâmica) sobre a expressão fenotípica de características reprodutivas (idade ao primeiro parto (IPP), ocorrência de prenhez precoce (OPP) e reconcepcão de novilhas (REC)). A estimativa do valor de F, bem como da depressão endogâmica, foi feita utilizando diferentes metodologias: (i) matriz de parentesco genômica com frequências alélicas obtidas da população base (FG); (ii) matriz de parentesco genômica com frequências alélicas fixadas em 0,5 (FGRM); (iii) com base no excesso de SNPs em homozigose (FSNP); e (iv) corrida de homosigose (FROH). Os resultados da corrida de homosigose também foram utilizados para identificar os padrões (... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The intensive use of reproductive biotechnologies has increased the birth rate of progenies with high degree of relationships (higher birth rate of half- and full-sibs). Thus, the control of herd inbreeding becomes relevant for the efficiency of the production system. With genomics, the inbreeding coefficient can be estimated using thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs), spread throughout the genome. In the present study, information of 3,785 Nelore animals (1,760 males and 2,025 females) genotyped with 777,962 SNP markers of BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) was used with the objective of evaluating the inbreeding rates of Nelore commercial herds, as well as to investigate the effects of inbreeding (inbreeding depression) on the phenotypic expression of reproductive traits (age at first calving (AFC), heifer early pregnancy (EP), and heifer rebreeding (HR)). The inbreeding coefficient (F) and inbreeding depression were estimated based on (i) genomic relationship matrix considering allele frequencies estimated from the base population (FG); (ii) genomic relationship matrix considering allele frequencies fixed at 0.5 (FGRM); (iii) excess of homozygous SNPs (FSNP); and (iv) runs of homozygosity (FROH). The runs of homozygosity results were also used to identify the pattern (size and distribution) of ROH segments as well as to identify ROH islands (ROH segments shared by more than 50% of the population). In total, there were identified 210,636 RO... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UNESP/oai:www.athena.biblioteca.unesp.br:UEP01-000907580 |
| Date | January 2018 |
| Creators | Herrera Rios, Ana Cristina |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. |
| Publisher | Jaboticabal, |
| Source Sets | Universidade Estadual Paulista |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | text |
| Format | xix, 60 p. |
| Relation | Sistema requerido: Adobe Acrobat Reader |
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