Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro / Coorientador: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Banca: Larissa Fernanda Simielli Fonseca / Banca: Alexéia Barufatti Grisólia / Baanca: Poliana Fernanda Giachetto / Resumo: O sequenciamento do RNA (RNA-Seq) é uma das abordagens utilizadas para identificar transcritos correspondentes a genes candidatos que provocam variações em vias metabólicas, resultando em diferentes fenótipos. Uma vez que, área de olho de lombo (AOL) e o conteúdo de gordura intramuscular (GI) são características poligênicas, muitos genes e mecanismos que induzem as diferenças no crescimento e desenvolvimento muscular, bem como nos índices de conteúdo de GI da raça Nelore, ainda são desconhecidos. Portanto, o objetivo foi estudar o transcriptoma do músculo de bovinos da raça Nelore, com o propósito de identificar genes e eventos de splicing alternativos diferencialmente expressos (DEGs e DAS) associados à característica de carcaça (AOL) e carne (conteúdo de GI), por meio do RNA-Seq. Para tanto, um total de 80 animais foram sequenciados e fenotipados para AOL e conteúdo de GI (mensurados pelo método químico - que avalia lipídios totais). Os resultados foram apresentados nos capítulos 2, 3 e 4. No capítulo 2, foram selecionados para análise de expressão diferencial, 15 animais com maiores e 15 animais com menores AOL. Após as análises, 288 genes foram diferencialmente expressos (q-value ≤0,05), dos quais 182 foram superexpressos e 106 foram reprimidos no grupo de animais com maiores AOL em comparação com o grupo com menores AOL. Genes pertencentes a famílias da actina, miosina, colágeno, integrina, transportador de soluto, ubiquitina e kelch-like foram diferencialmente expressos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: RNA sequencing (RNA-Seq) is an approach for screening the expression of functional candidate genes and identifying important molecular mechanisms creating variation in pathways that result in different tissue phenotypes. Since ribeye muscle area (REA) and intramuscular fat content (IF) are polygenic traits, many genes and mechanisms that induce differences in muscle growth and development, as well as IF content of the Nelore cattle still unknown. The aim was to study the muscle transcriptome of the Nelore cattle with the purpose of identifying differentially expressed genes (DEGs) and differentially expressed alternative splicing events (DAS) associated with the carcass (REA) and meat (IF) traits, through of the RNA-seq approach. Therefore, a total of 80 animals were sequenced and phenotyped for REA and IF contet (measured by the chemical method - which evaluate total lipids). The results were presented in chapters 2, 3 and 4. In chapter 2, 15 animals with highest REA and 15 animals with lowest REA were selected for differential expression analysis. Upon analysis, 289 DEGs were identified (q-value ≤0.05): 183 upregulated and 106 downregulated in the highest REA group. Genes belonging to important families, such as actin, myosin, collagen, integrin, solute carrier, ubiquitin, and kelch-like, were among the DEGs. Gene set enrichment analysis showed that many of the significantly enriched gene ontology (GO) terms are closely associated with muscle development, growth, and degrad... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UNESP/oai:www.athena.biblioteca.unesp.br:UEP01-000912502 |
| Date | January 2019 |
| Creators | Silva, Danielly Beraldo dos Santos |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. |
| Publisher | Jaboticabal, |
| Source Sets | Universidade Estadual Paulista |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | text |
| Format | 117 p. : |
| Relation | Sistema requerido: Adobe Acrobat Reader |
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