Denna rapport beskriver ett projekt vars syfte är att underlätta valet av bakteri- estammar till testpaneler som används av Q-lineas instrument ASTar®. ASTar® är ett automatiserat instrument för snabb antibiotikasensitivitetstestning (AST). Med testpanel menas en uppsättning av bakteriestammar som används för träning av den algoritm som används av ASTar®. De huvudsakliga målen med detta projekt är att ta fram indikatorer som kan användas för att utvärdera en testpanel samt att skapa verktyg för visualisering av en testpanel. Indikatorerna återspeglar en pa- nels spridning, täckning och redundans. Spridning är hur många olika MIC-värden en testpanel innefattar för varje antibiotikum och hur utspridda de är, täckning är antalet MIC-värden som varje antibiotikum har i en testpanel och redundans är kopplat till hur unikt varje MIC-värde på panelen är. Med MIC-värden menas den minsta koncentration av antibiotika som hämmar en bakteries tillväxt. I detta projekt har indikatorer tagits fram för att kunna kvantifiera en panels spridning, täckning och redundans, och enkelt kunna jämföra olika testpaneler utifrån dessa aspekter. Ett skript compare.py har skrivits i programmeringsspråket Python för att skapa en visualisering som jämför de kvantitativa indikatorvärdena för olika paneler i relation till de högsta möjliga värdena. Ytterligare ett skript, master_vis.py har skrivits för att generera olika visualiseringar av en panel och dess täckning, sprid- ning och redundans. Sex olika grafer och två tabeller kan genereras med detta skript. Dessa visualiseringar och tabeller visar bland annat hur utspridda MIC-värdena är på en panel, hur många känsliga, intermediära och resistenta MIC-värden som finns för varje antibiotikum på en panel och hur många unika MIC-värden som finns för varje stam på panelen. Slutligen har även ett tredje skript skrivits, kallat isola- te_selection.py. Detta skript utgår från de framtagna kvantitativa indikatorerna för att välja ett specificerat antal stammar till en panel och utvecklades för att under- söka hur indikatorerna skulle kunna användas för att påverka stamvalet. Möjligen skulle en liknande implementering kunna göras i Q-lineas nuvarande stamvalsskript. Samtliga skript, visualiseringar och beräkningsmetoder som har arbetats fram i det- ta projekt är tänkta att kunna användas av Q-linea för att underlätta deras fram- tagning och utvärdering av testpaneler.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:uu-502910 |
| Date | January 2023 |
| Creators | Ancker, Julia, Berg, Elin, Björkman, Therese, Malmvall, Hanna, Abdullahi, Hanad, Wong, Victor |
| Publisher | Uppsala universitet, Institutionen för biologisk grundutbildning |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | Swedish |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0026 seconds