Pendant mes travaux de thèse, j'ai développé et appliqué des méthodes informatiques utilisant des données de réseaux afin d'aider l'analyse des données biologiques à haut-débit. Ma thèse consiste en trois projets : L'identification de protéines supplémentaires dans des approches de protéomique différentielle à l'aide des réseaux d'interaction protéiques, l'identification de réseaux régulatoires sous-jacents aux réponses aux stress abiotiques dans arabidopsis thaliana et l'analyse de signature transcriptomique de réponse immunitaire d'hôte spécifique à différentes étapes d'infection par shigella flexneri. / In the course of my Ph.D work, i have developed and applied methods making use of network information to adavance the analysis of high-throughput biological data. My thesis comprises three projects :- The identification of additional proteins in differential protemics using protein interaction networks. In this study, we developed a novel computational approach based on protein-protein interaction networks to identify a list of proteins that might have remained undetected in differential proteomic profiling experiments.- The transcriptional regulatory networks underlying responses to environmental stresses. Based on publicly available data, measuring the response of A. Thaliana to a set of abiotic stresses in a time-resolved manner, we applied two complimentary approaches to derive gene regulatory networks underlying the plant's response to the perceived stresses.- The analysis of transcriptional host immune response signatures specific for distinct stages of infection by shigella flexneri. During their host invasion process, shigella localize to different subcellular niches.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2014EVRY0022 |
| Date | 15 May 2014 |
| Creators | Gwinner, Konrad Frederik |
| Contributors | Evry-Val d'Essonne, Hirt, Heribert, SCHWIKOWSKI, BENNO |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text, Image |
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